神宗范天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝，諱翊鈞，穆宗第三子也。母貴妃李氏。隆慶二年，立為皇太子，時方六歲。性岐嶷，穆宗嘗馳馬宮中，諫曰：「陛下天下主，獨騎而騁，寧無銜橛憂。」穆宗喜，下馬勞之。陳皇后病居別宮，每晨隨貴妃候起居。后聞履聲輒喜，為強起。取經書問之，無不響答，貴妃亦喜。由是兩宮益和。
六年五月，穆宗崩。六月乙卯朔，日有食之。甲子，即皇帝位。以明年為萬歷元年，詔赦天下。祀建文朝盡節諸臣于鄉，有苗裔者恤錄。庚午，罷高拱。丁丑，高儀卒。壬午，禮部尚書呂調陽兼文淵閣大學士，預機務。秋七月丁亥，初通漕運于密云。庚寅，察京官。己亥，戒諭廷臣，詔曰：「近歲以來，士習澆漓，官方刓缺，詆老成為無用，矜便佞為有才。遂使朝廷威福之柄，徒為人臣報復之資。用是薄示懲戒，余皆曲貸。諸臣宜祓除前愆，共維新政。若溺于故習，背公徇私，獲罪祖宗，朕不敢赦。」庚子，尊皇后曰仁圣皇太后，貴妃曰慈圣皇太后。八月戊午，祀大社大稷。九月甲午，葬莊皇帝于昭陵。冬十月己未，侍郎王遴、吳百朋、汪道昆分閱邊防。辛酉，停刑。十一月乙未，河工成。十二月辛酉，振榆林、延綏饑。甲戌，以大行未期，罷明年元夕燈火及宮中宴。
萬歷元年春二月癸丑，御經筵。三月丙申，詔內外官舉將材。夏四月乙丑，潮、惠賊平。庚午，旱，諭百官修省。五月甲申，詔內外官慎刑獄。六月壬申，振淮安水災。秋七月，河決徐州。九月癸未，振荊州、承天及濟南災。丙戌，四川都掌蠻平。癸卯，停刑。冬十一月庚辰，命諸司立程限文簿，以防稽緩。十二月己未，振遼東饑。是年，暹羅、琉球入貢。
二年春正月甲午，召見朝覲廉能官于皇極門。二月甲寅，振四川被寇諸縣。三月癸巳，賜孫繼皋等進士及第、出身有差。夏四月丙寅，詔內外官行久任之法。五月辛丑，穆宗神主祔太廟。八月己巳，振山西災。庚午，振淮、揚、徐水災。冬十月甲寅，決囚。丁卯，視朝閱銓選。閏十二月庚寅，詔罷明年元夕燈火。是年，琉球入貢。
三年春正月丁未，享太廟。二月戊寅，祀大社大稷。辛巳，詔南京職務清簡，官不必備。丙申，始命日講官分直記注起居，纂緝章奏，臨朝侍班。夏四月己巳朔，日有食之，既。壬申，書謹天戒、任賢能、親賢臣、遠嬖佞、明賞罰、謹出入、慎起居、節飲食、收放心、存敬畏、納忠言、節財用十二事于座右，以自警。五月庚子，淮、揚大水，詔察二府有司，貪酷老疾者罷之。六月戊辰，浙江海溢。戊寅，命撫、按官，有司賢否一體薦劾，不得偏重甲科。是夏，蘇、松、常、鎮大水。秋八月丙子，禮部侍郎張四維為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。丁丑，河決高郵、碭山。戊子，免淮、揚、鳳、徐被水田租。九月戊午，京師地震。冬十月丁卯，地再震，敕群臣修省。戊辰，停刑。十一月乙巳，祀天于南郊。十二月辛未，詔罷明年元夕燈火。是年，安南、琉球、暹羅、土魯番入貢。
四年春正月丁巳，遼東巡按御史劉臺以論張居正逮下獄，削籍。夏五月戊申，祀地于北郊。六月庚辰，復遣內臣督蘇、杭織造。秋七月丁酉，諭吏、戶二部清吏治，蠲逋賦有差，明年漕糧折收十之三。壬寅，遣御史督修江、浙水利。甲辰，修泗州祖陵。辛亥，草灣河工成。八月壬戌，釋奠于先師孔子。是秋，河決崔鎮。冬十月乙亥，振徐州及豐、沛、睢寧、金鄉、魚臺、單、曹七縣水災，蠲租有差。是年，安南、琉球、烏斯藏、土魯番、天方、撒馬兒罕、魯迷、哈密入貢。