三十八年春三月癸巳，賜韓敬等進士及第、出身有差。夏四月丁丑，正陽門樓災。辛卯，以旱災異常，諭群臣各修職業，勿彼此攻訐。辛丑，振畿內、山東、山西、河南、陜西、福建、四川饑。五月，河南賊陳自管等作亂，有司討擒之。冬十月辛丑，停刑。十一月壬寅朔，日有食之。丁卯，以軍乏餉，諭廷臣陳足國長策，不得請發內帑。是年，烏斯藏入貢。
三十九年春二月庚子，河套部敵犯甘州之紅崖、青湖，官軍御卻之。夏四月，京師旱。戊子，怡神殿災。丙申，設邊鎮常平倉。五月壬寅，御史徐兆魁疏劾東林講學諸人陰持計典，自是諸臣益相攻擊。廣西、廣東大水。六月，自徐州北至京師大水。是夏，停熱審。冬十月丁卯，戶部尚書趙世卿拜疏自去。甲申，停刑。閣臣請釋輕犯，不報。是年，暹羅入貢。
四十年春二月癸未，吏部尚書孫丕揚拜疏自去。三月丙午，振京師流民。夏四月丙寅，南京各道御史言：「臺省空虛，諸務廢墮，上深居二十余年，未嘗一接見大臣，天下將有陸沈之憂。」不報。五月甲午朔，日有食之。秋八月，河決徐州。九月庚戌，李廷機拜疏自去。冬十月甲申，停刑。是年，琉球中山王尚寧遣使報歸國。
四十一年春正月庚申，諭朝鮮練兵防倭。三月癸酉，賜周延儒等進士及第、出身有差。夏五月己巳，諭吏部都察院：「年來議論混淆，朝廷優容不問，遂益妄言排陷，致大臣疑畏，皆欲求去，甚傷國體。自今仍有結黨亂政者，罪不宥。」六月乙未，卜失兔襲封順義王。秋七月甲子，兵部尚書掌都察院事孫瑋拜疏自去。九月壬申，吏部左侍郎方從哲、前吏部左侍郎吳道南并禮部尚書兼東閣大學士，預機務。庚辰，吏部尚書趙煥拜疏自去。是年，兩畿、山東、江西、河南、廣西、湖廣、遼東大水。烏斯藏入貢。
四十二年春正月乙丑，總兵官劉綎討建昌叛蠻，平之。二月辛卯，慈圣皇太后崩。己酉，振畿內饑。三月丙子，福王之國。夏四月丙戌，以皇太后遺命赦天下。六月甲午，葬孝定皇后。秋八月甲午，禮部右侍郎孫慎行拜疏自去。癸卯，葉向高致仕。是年，安南、土魯番入貢。
四十三年春正月乙丑，徐州決河工成。三月丁未朔，日有食之。夏五月己酉，薊州男子張差持梃入慈慶宮，擊傷守門內侍，下獄。丁巳，刑部提牢主事王之寀揭言張差獄情，梃擊之案自是起。己巳，嚴皇城門禁。癸酉，召見廷臣于慈寧宮。御史劉光復下獄。甲戌，張差伏誅。六月戊寅，久旱，敕修省。秋七月己酉，振畿內饑。甲戌，停刑。閏八月庚戌，重建三殿。丁巳，山東大旱，詔留稅銀振之。丁卯，河套諸部犯延綏，官軍御之，敗績，副將孫弘謨被執。冬十月辛酉，京師地震。十一月戊寅，振京師饑民。