三年春正月丙寅朔，兩畿、河南、山東、陜西同時地震。丁丑，大祀天地于南郊。丙戌，南京刑部主事桂萼請改稱孝宗皇伯考，下廷臣議。是月，朵顏入寇。
二月丙午，楊廷和致仕。庚戌，南京地震。三月壬申，振淮、揚饑。辛巳，振河南饑。夏四月己酉，上昭圣皇太后尊號曰昭圣康惠慈壽皇太后。庚戌，上興國太后尊號曰本生圣母章圣皇太后。癸丑，追尊興獻帝為本生皇考恭穆獻皇帝，大赦。
辛酉，編修鄒守益請罷興獻帝稱考立廟，下錦衣衛獄。五月乙丑，蔣冕致仕。修撰呂柟言大禮未正，下錦衣衛獄。丁丑，遣使迎獻皇帝神主于安陸。己卯，吏部尚書石珤兼文淵閣大學士，預機務。六月，御史段續、陳相請正席書、桂萼罪，吏部員外郎薛蕙上《為人后解》，鴻臚少卿胡侍言張璁等議禮之失，俱下獄。
秋七月乙亥，更定章圣皇太后尊號，去本生之稱。戊寅，廷臣伏闕固爭，下員外郎馬理等一百三十四人錦衣衛獄。癸未，杖馬理等于廷，死者十有六人。甲申，奉安獻皇帝神主于觀德殿。己丑，毛紀致仕。辛卯，杖修撰楊慎，檢討王元正，給事中劉濟、安磐、張漢卿、張原，御史王時柯于廷。原死，慎等戍謫有差。是月，免南畿、河南被災稅糧。八月癸巳，大同兵變，殺巡撫都御史張文錦。乙卯，吏部侍郎賈詠為禮部尚書兼文淵閣大學士，預機務。九月丙寅，定稱孝宗為皇伯考，昭圣皇太后為皇伯母，獻皇帝為皇考，章圣皇太后為圣母。丙子，詔天下。
丙戌，土魯番入寇，圍肅州。兵部尚書金獻民總制軍務，署都督僉事杭雄充總兵官，太監張忠提督軍務，御之。冬十一月己卯，戶部侍郎胡瓚提督宣、大軍務，都督魯綱充總兵官，討大同叛卒。十二月壬子，甘、涼寇退，召金獻民還。戊午，起致仕大學士楊一清為兵部尚書，總制陜西三邊軍務。是年，琉球入貢，魯迷國貢獅子、犀牛。
四年春正月丙寅，西海卜兒孩犯甘肅，總兵官姜奭擊敗之。辛未，大祀天地于南郊。二月乙卯，禁淹獄囚。三月壬午，仁壽宮災。夏五月甲戌，賜廬州知府龍誥官秩，詔天下仿誥備荒振濟法。庚辰，作世廟祀獻皇帝。八月戊子，作仁壽宮。冬十月丁亥，作玉德殿，景福、安喜二宮。十二月辛丑，《大禮集議》成，頒示天下。閏月乙卯朔，日有食之。乙亥，振遼東災。是年，天方入貢。
五年春正月乙未，大祀天地于南郊。二月甲寅，命道士邵元節為真人。庚辰，免山西被災稅糧。壬午，振京師饑。三月辛丑，賜龔用卿等進士及第、出身有差。
丁未，定有司久任法。夏五月庚子，楊一清復入閣。秋七月庚寅，免四川被災稅糧。八月丙寅，振湖廣饑。九月己亥，章圣皇太后有事于世廟。冬十月辛亥朔，親享如太廟禮。壬子，振南畿、浙江災，免稅糧物料。庚午，頒御制《敬一箴》于學宮。是年，暹羅入貢。
六年春正月癸未，命群臣陳民間利病。己丑，大祀天地于南郊。二月辛亥，小王子犯宣府，參將王經戰死。癸亥，費宏、石珤致仕。庚午，召謝遷復入閣。