二十六年春三月庚午，賜李春芳等進士及第、出身有差。夏四月乙巳，巡撫四川都御史張時徹、副總兵何卿討平白草叛番。己酉，俺答求貢，拒之。秋七月丙辰，河決曹縣。八月丙戌，免陜西被災稅糧。九月戊辰，戶部尚書王杲以科臣劾其通賄下獄，遣戍。閏月丙午，振CD饑。冬十一月壬午，大內火，釋楊爵于獄。乙未，皇后崩。十二月辛酉，逮甘肅總兵官仇鸞。乙亥，海寇犯寧波、臺州。
是年，琉球入貢。
二十七年春正月，把都兒寇廣寧，參將閻振戰死。癸未，以議復河套，逮總督陜西三邊侍郎曾銑，杖給事中御史于廷。罷夏言。三月癸巳，殺曾銑，逮夏言。
癸卯，出仇鸞于獄。夏五月丙戌，葬孝烈皇后。秋七月戊寅，京師地震。庚子，西苑進嘉谷，薦于太廟。八月丁巳，俺答犯大同，指揮顧相等戰死，周尚文追敗之于次野口。九月壬午，犯宣府，深入永寧、懷來、隆慶，守備魯承恩等戰死。
乙未，免陜西被災稅糧。冬十月癸卯，殺夏言。十一月乙未，詔撫按官采生沙金。
是年，日本入貢。
二十八年春二月乙巳，振陜西饑。辛亥，南京吏部尚書張治為禮部尚書兼文淵閣大學士，祭酒李本為少詹事兼翰林學士，入閣預機務。壬子，俺答犯宣府，指揮董昜等敗沒，遂東犯永寧，關南大震。乙卯，周尚文敗俺答于曹家莊。丙辰，宣府總兵官趙國忠又敗之于大滹沱。三月辛未朔，日有食之。丁亥，皇太子薨。秋七月，浙江海賊起。九月，朵顏三衛犯遼東。冬十月辛丑，免畿內被災稅糧。是年，日本、琉球入貢。
二十九年春三月壬午，賜唐汝楫等進士及第、出身有差。是月，瓊州黎賊平。
夏六月丁巳，俺答犯大同，總兵官張達、副總兵林椿戰死。是夏，免陜西、河南、江北被災夏稅。秋八月丙寅，封方士陶仲文為恭誠伯。丁丑，俺答大舉入寇，攻古北口，薊鎮兵潰。戊寅，掠通州，駐白河，分掠畿甸州縣，京師戒嚴。召大同總兵官仇鸞及河南、山東兵入援。壬午，薄都城。仇鸞為平虜大將軍，節制諸路兵馬，巡撫保定都御史楊守謙提督軍務，左諭德趙貞吉宣諭諸軍。癸未，始御奉天殿，戒敕群臣。甲申，寇退。逮守通州都御史王儀。丙戌，京師解嚴。杖趙貞吉，謫外任。丁亥，仇鸞敗績于白羊口。兵部尚書丁汝夔、巡撫侍郎楊守謙有罪，棄市。杖左都御史屠僑、刑部侍郎彭黯。九月辛卯，振畿內被寇者。乙未，罷團營，復三大營舊制，設戎政府，以仇鸞總督之。丁酉，罷領營中官。戊申，免畿內被災稅糧。壬子，廢鄭王厚烷為庶人。冬十月甲戌，張治卒。十一月癸巳，分遣御史選邊軍入衛。壬寅，祧仁宗，祔孝烈皇后于太廟。是年，琉球入貢。