戊辰，祖大壽殺副將何可綱。己巳，大壽自大凌脫歸，入錦州。十一月丙戌，太監李奇茂監視陜西茶馬，吳直監視登島兵糧、海禁，群臣合疏諫，不聽。壬辰，孫承宗致仕。癸巳，召對廷臣于文華殿，歷詢軍國諸務。語及內臣，帝曰：“諸臣若實心任事，朕亦何需此輩。”己亥，流賊羅汝才犯山西。閏月乙丑，陜西降賊復叛，陷甘泉，殺參政張允登。丁卯，登州游擊孔有德率師援遼，次吳橋反，陷陵縣，連陷臨邑、商河、齊東，屠新城。十二月丙子，濟南官軍御賊于阮城店，敗績。丁丑，以大凌筑城招釁奪孫承宗官。是冬，延安、慶陽大雪，民饑，盜賊益熾。
五年春正月辛丑，孔有德陷登州，游擊陳良謨戰死，總兵官張可大死之。巡撫都御史孫元化、副使宋光蘭等被執，尋縱還。辛亥，孔有德陷黃縣。丙寅，總兵官楊御蕃、王洪率師討孔有德，敗績于新城鎮。二月己巳朔，孔有德圍萊州，巡撫都御史徐從治固守。辛巳，孔有德陷平度。三月壬寅，兵部侍郎劉宇烈督理山東軍務，討孔有德。夏四月甲戌，劉宇烈敗績于沙河。癸未，徐從治中傷卒。
是月，總兵官曹文詔、楊嘉謨連破賊于隴安、靜寧，賊奔水落城，平涼、莊浪饑民附之，勢復熾。五月丙午，參政朱大典為僉都御史，巡撫山東。辛亥，禮部尚書鄭以偉、徐光啟并兼東閣大學士，預機務。六月，京師大雨水。壬申，河決孟津。秋七月辛丑，太監曹化淳提督京營戎政。癸卯，孔有德偽降，誘執登萊巡撫都御史謝璉，萊州知府朱萬年死之。己未，孫元化棄市。逮劉宇烈下獄，論戍。
八月甲戌，洪承疇敗賊于甘泉，賊首白廣恩降。甲申，朱大典督軍救萊州，前鋒參將祖寬敗賊于沙河。乙酉，萊州圍解。癸巳，官軍大敗孔有德于黃縣，進圍登州。九月丁酉，海賊劉香寇福建。是秋，陜西賊入山西，連陷大寧、澤州、壽陽，分部走河北，犯懷慶，陷修武。冬十一月戊戌，劉香寇浙江。
六年春正月癸卯，曹文詔節制山、陜諸將討賊。丁未，副將左良玉破賊于涉縣，賊走林縣山中，饑民爭附之。庚申，遣使分督直省逋賦。是月，曹文詔擊山西賊，屢敗之。二月壬申，削左副都御史王志道籍。癸酉，流賊犯畿南。戊子，總兵官陳洪范等克登州水城。辛卯，孔有德遁入海，山東平。三月癸巳，敕曹文詔諸將限三月平賊。夏四月己巳，免延安、慶陽、平涼新舊遼餉。壬申，總兵官鄧玘、左良玉剿河南賊。五月乙巳，太監陳大金等分監曹文詔、張應昌、左良玉、鄧玘軍。壬子，孔有德及其黨耿仲明等航海降于我大清。癸丑，河套部犯寧夏，總兵官賀虎臣戰沒。六月辛酉朔，太監高起潛監視寧、錦兵餉。乙丑，鄭以偉卒。庚辰，周延儒致仕。甲申，延綏副將李卑援剿河南。庚寅，太監張彝憲請催逋賦一千七百余萬，給事中范淑泰諫，不聽。秋七月甲辰，大清兵取旅順，總兵官黃龍死之。癸丑，改曹文詔鎮大同，山西巡撫都御史許鼎臣請留文詔剿賊，不許。八月己巳，曹文詔敗賊于濟源，又敗之于懷慶。九月庚戌，南京禮部侍郎錢士升為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。冬十月戊辰，徐光啟卒。十一月癸巳，禮部侍郎王應熊、何吾騶俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。辛亥，詔保定、河南、山西會兵剿賊。壬子，賊渡河。乙卯，陷澠池。十二月，連陷伊陽、盧氏，分犯南陽、汝寧，遂逼湖廣。是年，安南入貢。
七年春正月己丑，廣鹿島副將尚可喜降于我大清。設河南、山、陜、川、湖五省總督，以延綏巡撫陳奇瑜兼兵部侍郎為之。庚寅，總兵官張應昌渡河，敗賊于靈寶。壬辰，賊自鄖陽渡漢。癸巳，犯襄陽，連陷紫陽、平利、白河，南入四川。二月戊寅，陷夔州，大寧諸縣皆失守。甲申，耕耤田。乙酉，張獻忠突商、雒，凡十三營流入漢南。是月，振登、萊饑，蠲逋賦。三月丁亥朔，日有食之。