綾波麗說著抱起剩下的衣服走向浴室。
李牧突然有點后悔，他要是晚一點說會不會好一點？
不經意間，他的鼻梁上多出一副眼鏡。
等到綾波麗換好衣服出來，李牧鼻梁上的眼鏡又突然消失了。
吃飯早飯，李牧將綾波麗送出家門。
幻影移形，他已經回到碇源堂超級大的辦公室準備新一天的工作。
NERV新的一天工作才展開，部分秘密部門已經收到李牧下達的密令，所有儲存的綾波麗備用的克隆體，全部都在最短的時間內銷毀，沒有了替換的身體，綾波麗從此就只有一個。
今天綾波麗沒來訓練，因為昨天的傷勢她可以去上學。
不過上學對她來說沒有任何意義，因為她沒有任何朋友也不跟任何人接觸。
到了晚上，李牧再次出現在綾波麗的家里。
通過變形咒，陳舊的屋子立刻變的溫馨好看，綾波麗雖然沒說什么，但是心里卻有一點點喜悅，以至于她有點失眠了，到了后半夜才緩緩睡去。
看到綾波麗睡著，李牧才跟著睡著。
如果綾波麗每天的生活除了冰冷的孤獨就是殘酷的訓練，當她只能在自己這里得到放松擁抱溫暖，很快他在她心里的地位就會超過對她來說類似于父親的碇源堂。
等到那個時候，綾波麗就會義無反顧的站在他這邊。
第二天不用去學校，今天有新的訓練任務。
綾波麗很早就前往基地準備新的訓練，李牧也再次來到碇源堂的辦公室。
NERV戰術作戰部葛城美里，NERV技術開發部赤木律子，NERV副司令冬月幸增，全部都在李牧的召集下來到他的辦公室，這讓他們都意識到今天有大事發生。
“我收到消息……”
李牧說著頓了一下，“M國海蛇基地研發出了新的EVA機體，而且可靠性甚至超過我們開發的EVA，我準備出動零號機突襲海蛇基地帶回海蛇基地研發的EVA機體，正好也在使徒來襲以前進行一次實戰。”
“這不可能。”
赤木律子憤怒地說道。
碇源堂的這一席話，讓她感覺自己的專業受到了侮辱。
“我也不相信，所以奪回機體給我看。”
李牧嚴肅的說道。
赤木律子怒氣騰騰的離開，留下葛城里美制定作戰計劃。
因為海蛇基地位于海底，所以零號機會搭乘特制的潛艇接近目標，然后釋放零號機水下作戰摧毀海蛇基地，類似這種水下基地雖然難以發現，但是一旦被發現破壞起來太容易了。
隨便開幾個洞，海底基地就會變成海底墳墓。
因為潛艇的速度很慢，縱然緊急改造加快航速，作戰計劃至少也持續幾天，經過大半天的準備后，綾波麗和零號機終于一起登上特制潛艇前往海蛇基地。
數天后，零號機逼近海蛇基地。
跟葛城里美的作戰計劃一樣，通過內鬼送出的海蛇基地建筑圖，綾波麗駕駛零號機使用高振動粒子刀，輕而易舉的給海蛇基地開了幾個洞，海水倒灌直接讓海蛇基地變成墳墓。
最后零號機炸開機庫，從海蛇基地將李牧提前放置的自由高達成功捕獲。
自由高達送到NERV總部，赤木律子立刻前往查看，她要證明自己的技術專業無人可比，不是隨便什么人制造一個徒有其表的東西都能稱作EVA。
然而經過一番檢查，赤木律子的心態徹底炸了。
她完全認不出自由高達表層裝甲是什么材料，甚至就連卸掉裝甲都做不到，最后費盡九牛二虎之力也只是勉強得到自由高達的核心電腦控制權，能夠讓駕駛員進入這個讓她束手無策的EVA。