緊靠著木葉村的山谷夜里突發大水，而且冒出來的還是濃稠如墨汁一般的黑水，這自然第一時間就驚動了村子里巡邏的忍者。
暗部也迅速做出反應，派出人員前往查探的同時，連夜向三代火影和波風水門匯報了這個情況。
木葉村的組織能力和忍者的執行力都非常出色，一系列行動并沒有引起村子的騷亂，村民們也都大多不知所覺，依然沉睡在自己甜美的夢鄉里。
但近日來到木葉的各國忍者幾乎都是本國的精銳，木葉的異常還是引起了他們之中不少人的注意。這些人都在猜測木葉究竟發生了什么，一些交好國家的忍者甚至連夜互通消息，希望吃到第一手的好瓜。
當暗部開始進行調查的時候，上杉真司和大蛇丸已經離開了研究所了。暗部最終得出的調查結果就是，大蛇丸帶著一名不明身份的忍者洗劫了根組織的實驗室。
根據根組織實驗室中殘留的人體實驗的痕跡，暗部目前的推測就是兩方可能因為實驗出現了沖突，大蛇丸出手盜取了根組織的實驗成果。
當然，即使木葉明令禁止人體實驗，大蛇丸的這次行動也跟伸張正義搭不上邊。暗部搜查了大蛇丸的住所，發現大蛇丸早已經清空住所里的東西，基本也可以判定他叛逃木葉。
三代火影和波風水門得到暗部回報的時候，波風水門極為震驚，而三代火影也表現得極為震驚。
波風水門對于根組織和大蛇丸進行人體實驗的事并不清楚，而三代火影對于對此早就知曉了，只不過一直以來他都是睜一只眼閉一只眼。甚至于大蛇丸會叛逃，三代火影心中隱隱都有了一絲預感。
波風水門和三代火影經過一番商議之后，決定關于根組織偷偷進行人體實驗的事情在木葉內部暫時先壓下，等到火影繼任儀式結束之后再處理。
至于幾乎已經確定叛逃的大蛇丸，則出動一支暗部精銳去尋找他的蹤跡，待找到之后再安排力量將其逮捕回木葉。
此時三代火影和波風水門都還不知道，原本準備等自己弟子正式就任火影之后再離開的自來也，已經獨自一人去追大蛇丸了。
......
在大蛇丸和上杉真司分贓的臨時地點，上杉真司已經將剩余的十幾卷實驗資料都大致過目了一遍，兩人這場交易也算是正式結束了。
正當他們準備離開的時候，一個一陣響亮的腳步聲卻突然響了起來，聲音也距離兩人越來越近。
這個腳步聲之所以用‘響亮’來形容，是因為來人腳上穿著的是木屐。踩在附近這片巖石地面上聲音格外明顯，而且似乎對方也絲毫沒有想要隱藏行跡的意思。
“是他。”
大蛇丸眼中閃過一絲異色，顯然他已經知道了來者何人。
上杉真司則是轉眼看向腳步聲傳來的方向，月光之下映照出一個高大挺拔的身影。