在舊金山一戰中，損失親友者不在少數，其中就包括帝王組織中的一位名為艾瑪的女生物聲學家。
艾瑪的小兒子在這場災難中喪生，導致她與丈夫馬克離婚，并逐步“大徹大悟”。
艾瑪認為這場災難歸根結底是自然的報復，人口過剩、污染以及戰爭造成了巨獸一次次前來打擾。
在艾瑪看來，巨獸們的目的是恢復大自然平衡，巨獸所破壞的地方很快恢復了綠意生機，人類其實才是地球的病毒。
作為一名理想主義者，艾瑪覺得她有必要做些什么來恢復大自然的平衡。
于是，艾瑪便想出了釋放更多巨獸，讓人類“優勝劣汰”的絕佳主意。
在平息了喪子之痛之后，艾瑪立刻帶著女兒前往華國滇地，那里是魔斯拉沉睡之地。
艾瑪的研究則是一款能夠與巨獸溝通的奧卡聲吶裝置，這個裝置同樣能夠用來喚醒巨獸。
徐多藝并不是不了解這一切，他更知道五年后艾瑪的研究就會成功，艾瑪也將去南極喚醒他研究二十余年無果的基多拉。
屆時全球都會陷入混亂之中，艾瑪也會意識到她的自然平衡計劃有多離譜。
她只一廂情愿地認為只要死掉一些人，大自然就能恢復平衡，巨獸們也都會像哥斯拉一樣各回各家。
殊不知基多拉可不似哥斯拉那般平和，畢竟它有王者之稱，而且不是哥斯拉那種遠古之王，在巨獸群中是很有統治力的。
所以基多拉蘇醒之后，很快就會喚醒更多小弟，妄圖再度統治地球。
能夠阻止這一切當然是哥斯拉，也只有哥斯拉。
事實上，哥斯拉的單體戰力是不及基多拉的，但是它身邊還有剛剛破繭成蝶的怪獸女王魔斯拉。
在原片中，魔斯拉舍身為哥斯拉擋下了基多拉的致命重力射線，并將自身殘余力量全部送給了哥斯拉。
在獲得了魔斯拉的力量之后，哥斯拉終于顯露出它的最強形態，紅蓮形態。
它的原子吐息由淡藍色變成了深紅色，并以此干掉基多拉，重回王者之位。
徐多藝思考良久，最終決定還是不要干涉艾瑪的研究和此事的走向。
基多拉確實太過殘暴，與其留著這么一顆定時炸彈，不如讓哥斯拉將其干掉。
而且徐多藝眼饞基多拉的能力幾十年了，他完全可以渾水摸魚，暗中搞到基多拉在對戰中被哥斯拉咬下的那顆頭顱進行研究。
斷肢重生和心靈感應實在是不能放過，于是徐多藝批準了艾瑪前去滇地研究魔斯拉的申請。
而后徐多藝便沒再理會艾瑪的事情，他本人的精力大部分都放在了前往地心世界這項計劃，還有對哥斯拉背鰭的研究上。
然而徐多藝的計劃剛剛制定完成，便有一位不速之客主動找上門來。
“沃爾特·西蒙斯？”徐多藝面露古怪之色，此人不正是《哥斯拉大戰金剛》中的大反派，剛剛被他截胡的Apex公司董事長嘛。