因為人類的Alex已死，所以此時的原型體空有Alex的人格，外貌，卻喪失了原來的全部記憶。蜂擁而來的黑色守望士兵讓Alex了解到自己是人人欲誅的重要目標，同時也發現了自己擁有常人不可能擁有的“超能力”。所以他更想知道“我是什么”而不是“我是誰”。
在利用自己的能力吸收了數名“BW”高級官員的記憶之后，原型體Alex也了解到自己不是人的事實以及這一切慘劇的內幕。
真相大白讓Alex陷入了短暫的迷失，然后他并沒有將接下來的時間用來思考人生，而是著手開始了“救贖”式的行動。一個神秘線人通過公用電話向Alex提供了關鍵情報——軍方的重裝備和火力已經迫使變異怪物無法在地表立足－但是它們轉入紐約復雜的地鐵和下水道系統之后，反而使人類的清剿部隊陷入了游擊戰的泥潭之中。
如果Alex可以把軍方最新研制的“血毒”（BLOODTOX）解毒劑帶入地下，就能把怪物們逼出地表，從而達到殲滅目的。
Alex不僅成功履行了這一任務，還擊殺了怪物們的首腦Elizabeth。
在將Elizabeth吸收后，Alex獲知黑色守望打算發射核彈，摧毀整個紐約。
在經過和超級獵手的最終決戰后，Alex消滅了黑色守望的野心家們，駕駛著直升機把核彈投入了大西洋，自己也因為核爆粉身碎骨，其中有一片殘骸飛入曼哈頓島，被一只烏鴉啄食。誰知病毒卻吞噬了烏鴉，Alex二度復活。
生化暴亂平息后，Alex離開了紐約，開始環游世界，并且了解人類。在旅途的過程中他看透了人類的丑惡，對人類徹底喪失了信心。
他在二代中組建自己的進化體大軍，大肆向外界擴散病毒，其實是給人類提出了一種能夠徹底保護他們的“終極方案”——如果人類全部感染病毒成為進化者后，就可以消滅等級和階級，做到人人平等，不再有疾病困擾，也不再有紛爭和利益所導致的沖突。
二代故事開始，Alex將紅光病毒（黑光病毒進化版本）注入到了一名特種士兵JamesHeller（簡稱J叔）身上，目的是創造生化者大軍襲擊全世界。
然而J叔雖然感染成為了異變體，但卻成為了進化人類。
后來逐漸解鎖能力的J叔成功將Alex擊殺、吸收。
（PS：以下為原創劇情，如有雷同，不勝榮幸）
然而事情并沒有因此結束。
雖然黑色守望遭受重創，異變體也幾乎無存，但黑色守望之中卻逃出了一位名為科迪的博士，科迪博士在目睹了J叔吸收掉Alex的場景之后，偷偷搜集了一些Alex的血液。
并以此展開了研究。
經過實驗，科迪博士成功復制出大量的Alex復制體。
但這種復制體卻并沒有自我意識，且戰斗力偏弱。
后來科迪博士在一次野外采集人類基因標本的時候，被路過的J叔擊殺，可電腦卻在秘密進行著Alex復制體的實驗。
此時，病毒周期發生了變化，J叔越發虛弱。
此時，一個名為新黑色守望的組織派人前來追殺J叔。
帶著女兒瑪雅亡命天涯的J叔，因為戰斗力衰弱的原因，最終死于鷹醬的超級戰士的追殺之中。
而此時，新黑色守望終于解開了面紗。
這竟然是一群名為塔塔族的外星生物。
這種塔塔族具有流線型的細密鱗片，如果有需要，甚至可以形成一臺生物梭型飛船。
黑光病毒的植株，正是塔塔族的圣物。
黑光病毒是一種可以加快進化速度的病毒，它的最大用處在于架構物質運輸的快速通道從而完成各種進化，簡單來說，就是它進入、改變并同化每個細胞，新細胞將之前睡眠狀態下的非編碼區激活并大量復制，導致激烈的生理變化，擴大基因容量，容納優質基因改造身體，提高細胞活性，也就是吞噬、融合其他生物并得到進化。
在得知圣物被偷之后，塔塔族開啟了漫長的尋找過程。
它們在二代故事發生的十年之后，來到了地球。
隨后，它們和地球各國交戰。
塔塔星人科技先進，雖然只有幾百萬人，卻在短時間內擊敗地球上大多數國家。