第一次妖書案：
背景：
萬歷十八年（1590年），著名大儒呂坤擔任山西按察使，在職期間，他采輯了歷史上賢婦烈女的事跡，著成《閨范圖說》一書。宦官陳矩（后來執掌東廠，參與審理第二次“妖書案”）出宮時看到了這本書，買了一本帶回宮中。鄭貴妃看到之后，想借此書來抬高自己的地位，于是命人增補了十二人，以東漢明德皇后開篇，鄭貴妃本人終篇，并親自加作了一篇序文。之后，鄭貴妃指使伯父鄭承恩及兄弟鄭國泰重刻了新版《閨范圖說》。
盡管第二版的《閨范圖說》與第一版有許多相同之處，但出書人的初衷卻有本質的區別。更為糟糕的是逐漸有人將兩版書混為一談。
大致經過：
萬歷二十六年（1598年）五月，擔任刑部侍郎的呂坤上《天下安危疏》（《憂危疏》），請明神宗節省費用，停止橫征暴斂，以安定天下。吏科給事中戴士衡借此事大作文章，上疏彈劾呂坤，說他先寫了一本《閨范圖說》，然后又上《安危疏》，是“機深志險，包藏禍心”，“潛進《閨范圖說》，結納宮闈”，逢迎鄭貴妃。呂坤平白無故地蒙受了不白之冤，立即上疏為自己辯護，說：“先是，萬歷十八年臣為按察使時，刻《閨范》四冊，明女教也。后來翻刻漸多，流布漸廣，臣安敢逆知其傳之所必至哉？……伏乞皇上洞察緣因《閨范圖說》之刻果否由臣假托，仍乞敕下九卿科道將臣所刻《閨范》與（鄭）承恩所刻《閨范圖說》一一檢查，有無包藏禍心？”
呂坤確實比較冤枉，他原來的書被人改頭換面，本來就與他無關，而還說他自己偷偷送進宮里，企圖“結納宮闈”，更是莫名其妙的罪名。因為整個事情牽涉到鄭貴妃，明神宗裝聾作啞，沒有理睬。
不料平地再起風云，一個自稱“燕山朱東吉”的人專門為《閨范圖說》寫了一篇跋文，名字叫《憂危竑議》，以傳單的形式在京師廣為流傳。“朱東吉”的意思是朱家天子的東宮太子一定太吉。“憂危竑議”四字的意思是：在呂坤所上的《憂危疏》的基礎上竑大其說，因為《憂危疏》中沒有提到立太子的問題。文中采用問答體形式，專門議論歷代嫡庶廢立事件，影射“國本”問題，大概意思是說，《閨范圖說》中首載漢明德馬皇后，馬后由宮人進中宮，呂坤此意其實是想討好鄭貴妃，而鄭貴妃重刊此書，實質上是為自己的兒子奪取太子位埋下的伏筆。又說：呂坤疏言天下憂危，無事不言，惟獨不及立皇太子事，用意不言自明。又稱呂坤與外戚鄭承恩、戶部侍郎張養蒙、山西巡撫魏允貞等九人結讜，依附鄭貴妃。
此文（即所謂的“妖書”）一出，立即引起了軒然大波。人們不明所以，紛紛責怪書的原作者呂坤。呂坤憂懼不堪，借病致仕回家。
第一次妖書案結果：
明神宗看到《憂危竑議》后，大為惱怒，可又不好大張旗鼓地追查作者。鄭貴妃伯父鄭承恩因為在《憂危竑議》中被指名道姓，也大為緊張，便懷疑《憂危竑議》為戴士衡和全椒知縣樊玉衡所寫。在戴士衡上疏之前，全椒知縣樊玉衡曾上疏請立皇長子為皇太子，并指斥鄭貴妃。
明神宗也不想把事情鬧大，便親下諭旨，說明《閨范》一書是他賜給鄭貴妃的，因為書中大略與《女鑒》一書主旨相仿佛，以備朝夕閱覽。又下令逮捕樊玉衡和戴士衡，經過嚴刑拷掠后，以“結讜造書，妄指宮禁，干擾大典，惑世誣人”的罪名分別謫戍廣東雷州和廉州。而呂坤因為已經患病致仕，置之不問。
呂坤之后再也沒有步入仕途，閉門著述講學，二十年后謝世。著名的《呻吟語》便是其作品。
戴士衡于萬歷四十五年（1617年）死于廉州。
明光宗即位后，起用樊玉衡為南京刑部主事，不過為樊玉衡推辭。