康丕揚上疏指出“妖書案”和“楚太子案”兩案同源，牽扯醫生沈令譽和琴士鐘澄。而當時的佛教禪宗大師紫柏真可也因當時要求朝廷停止征收礦稅，不停奔走在京師各界，而紫柏真可與沈鯉友好，因此亦被趁機牽連。此后紫柏真可被東廠與錦衣衛嚴刑拷打，打得體無完膚，自獄中歸后，傷重而圓寂，而另一位醫師沈令譽亦被處以酷刑。史載：“數日間，鋃鐺旁午，都城人人自危！”
不久，東廠又逮捕一名形跡可疑的男子皦生彩，皦生彩供出他哥哥皦生光與“妖書案”有關。原來皦生光原為順天府諸生（秀才），但卻時常在京師狡取人財。有一富商包繼志，聘請皦生光代纂詩集，皦生光寫了“五色龍文照碧天，讖書特地擁祥煙。定知鄭主乘黃屋，愿獻金錢壽御前。”之詩，正要刊行時，皦生光卻以“鄭主乘黃屋”一句話有諷刺鄭妃奪儲之意，可能會引發文字獄，向包繼志恐嚇銀錢，后來甚至恐嚇鄭貴妃的兄弟鄭國泰。
最后皦生光被捕，在錦衣衛屈打之下成招，成為妖書主犯，由于《續憂危竑議》中寫的都是朝廷之事，一個秀才無法知悉這樣的內容，定是朝廷的人所為，不過陳萬化發覺了皦生光以前寫“鄭主乘黃屋”以詐騙人財之事，已經足以判死刑，所以就打算用皦生光來頂罪，以保全所有大臣。刑部尚書蕭大亨想將“妖書”牽連到他討厭的郭正域，拷打皦生光，逼其招供，但是皦生光寧死不屈。
萬歷三十二年（1604年）四月，皦生光被判斬首，神宗大怒，改為凌遲，此事就此打住。
后續結果：
皦生光死后，離奇的第二次“妖書案”就此不了了之，“妖書”的真正作者始終沒有人知道。妖書案之后，“劫杠案”爆發。
妖書案之后，楚王朱華奎以助工為由，向朝廷貢獻萬兩白銀。運送途中，在漢陽被不滿朝廷處理方式的楚國宗室朱蘊鈐糾集數百人劫走。地方通判等官當場拘捕了帶頭行劫的宗犯32名，送往獄中。繼而楚王宗族群起鬧事，突入府院，想要奪回銀兩和被捕的宗人。副使周應治（鄞縣人，任廣東參政時在惠州建“天泉書院”，見葉夢熊《天泉書院記》）等無法約束，甚至被毆，只得匿身民間。兵部尚書、右副都御史、湖廣巡撫趙可懷，本熟悉楚藩情況，因之前辦理“偽楚王”案中順沈一貫意，宗藩恨趙可懷不公，趙可懷提訊要犯時，被朱蘊鈐和朱蘊訇掙斷刑枷，當場打死。萬歷三十三年四月，朱蘊鈐與朱蘊訇解送湖廣承天府處死，朱華堆等三人自殺，朱華焦、朱蘊鈁等被幽禁，史稱“劫杠案”。
過了一段時間后，朝野開始流傳“妖書”其實出于武英殿中書舍人趙士楨之手。
趙士楨是明朝歷史上杰出的火器專家，一生研制改進了多種火器。因其在征治上不得志，名字未能如宋應星、徐光啟那樣彪炳史冊。
趙士楨的一生，頗富傳奇色彩。他早年是太學生，在京師游學。他能寫一手好字，書法號稱“骨騰肉飛，聲施當世”，時人爭相買他所題的詩扇。有個宦官也十分喜歡趙士楨的書法，買了一把詩扇帶入宮中，結果被明神宗看見，大為賞識，趙士楨平步青云，以布衣身份被召入朝，任鴻臚寺主簿。鴻臚寺有點類似于國賓館，日常職責是凡外國或少數民族的皇帝、使者，到京師朝見皇帝或進貢，按等級供給飲食及招待。
趙士楨為人慷慨有膽略，交游頗廣。萬歷五年（1577年），張居正喪父，因貪戀權位不肯回家奔喪，發生了震驚朝野的“奪情”事件，五名大臣因此被廷杖。趙士楨不畏干連，予以調護，詞翰聲譽甚盛，號稱“他途入仕”名士。不過，他因“生平甚好口訐，與公卿亦抗不為禮”，加上又因為制造火器得罪了不少人，一生并不得志，當了十八年鴻臚寺主簿才升為武英殿中書舍人，還經常受到懷疑、誹謗。皦生光被殺后，京中盛傳妖書“是東嘉趙士楨所作也”。趙士楨為此而身心勞瘁，據說他已經精神錯亂，甚至多次夢見皦生光索命，終于一病不起，抑郁病亡。
但趙士楨是妖書作者始終只是傳說，并沒有證據，真正的作者到底是誰，始終沒有人知道。“妖書案”雖平，但其影響所及，卻已遠逾宮廷，遍及朝野，險惡的宮廷斗爭也并沒有就此平息。
妖書案后接著又發生了著名的“明末三案”，事實上都是東林讜爭的延續。