在大海的深處，全是水的海底，羽戊良如同咸魚一般躺在那里，不時暢游在水中，偶爾去吞噬一些濃度很高的放射性物質。
與羽戊良的悠閑舒適相比，人類就顯得緊張又焦慮。
第三新東京市破壞嚴重，重建工作相當艱巨，而且必須趕進度，畢竟誰也不知道下一個使徒什么時候到來。
如今24層裝甲板被破開，NERV總部門戶洞開，不盡早修復的話，下次使徒直接從那里下來輕松加愉快。
人類逐漸感到壓力，原本對自己的武器極為自信，相信可以消滅使徒，卻發現那都只是笑話而已。
接著又把希望寄托在NERV以及EVA身上，一開始寄予厚望的EVA，因為羽戊良這只哥斯拉的亂入，一切又被打亂了，除了第五使徒被零號機偷偷開槍射殺，其他使徒全部是被羽戊良擊敗的。
而羽戊良還毫不客氣地吞噬了使徒的身體以及核心，完成了各種各樣的進化。
深知自身太過渺小的人類自然有了緊迫感。
所幸NERV方面有應對措施，目前在碇源堂的親自監督下，一個用來對付羽戊良的項目正在悄然進行。
在此期間，人類這邊似乎一切都不是很順利。
“你說什么？消滅了？”
正在浴室中洗澡的葛城美里接到緊急電話，震驚地直接從浴缸里站了起來。
“EVA四號機和第二支部都被消滅了？”
發生這樣的大事，NERV總部立刻召開了緊急會議，使徒分析出究竟是什么原因造成的。
但因為第二支部已經徹底被摧毀，沒有相關的影像資料，所以暫時無法得出具體結論。
不過由于EVA四號機是為開發次時代機型提供數據的實驗機體，所以高層認為無論發生什么都不足為奇，于是沒有太將這件事重視。
接下來，就是美國支部強烈要求將EVA三號機送往R國NERV總部，具體原因不清楚。
EVA三號機作為最新機型，能力自然不容忽視，SEELE也是鼓勵碇源堂將其最為未來的戰斗主力。
這其中也是引起了一番爭執，碇源堂生性謹慎，不愿意嘗試沒有經過測試的EVA三號機，而SEELE則是勸碇源堂放棄作為實驗機的零號機。
當然最后以碇源堂服從SEELE的意志結束了這次秘密會議。
面對SEELE施加的壓力，碇源堂保持著一貫的思考姿勢，沉聲道：“必須盡快讓初號機覺醒才行。”
與此同時，作為EVA駕駛員的三人，各自的境遇也是有所不同。
眾所周知的綾波麗，身為容器性質的人造人，接受著她應有的命運，被BT碇源堂這家伙疼愛著。
原先可能是主角，現在因為羽戊良出現而失去了頭上發光光環的碇真嗣，在學校的樓頂上遇到了神秘的空降美少女，確確實實是跳傘下來的。
這名美少女就是真希波，第四名EVA駕駛員，她跳傘下來自然不是為了恰雞，似乎另有目的。
明日香肯定也發生了一些事情。
由于NERV總部需要接收EVA三號機，因為“梵蒂岡條約”，所以必須要封印一臺EVA，于是選擇了明日香的二號機。
這就導致了明日香的不爽，對此非常不滿。
同樣的，作為補償，明日香成為了EVA三號機的試驗駕駛員，首先確定三號機的技能以及安全穩定性等等。
“那就是DummySystem（傀儡系統）啊？”
站在遠處機架上，看著給初號機以及新到三號機（原劇場版只有初號機）安裝新駕駛艙的葛城美里，自語道。
“雖然名義上只是用來輔助駕駛的，不過它不僅能單獨操作機體，甚至在無人駕駛的狀態下也能產生A.T.力場。”