運氣學“等學說，從整體觀上來論述醫學，呈現了自然、生物、心理、社會“整體醫學模式“(另據現代學者考證，認為今本中的黃老道家痕跡是隋唐時期的道
卷十七，調經論篇第六十二。
卷十八，繆刺論篇第六十三，四時刺逆從論篇第六十四，標本病傳論篇第六十五。
卷十九，天元紀大論篇第六十六，五運行大論篇第六十七，六微旨大論篇第六十八。
卷二十，氣交變大論篇第六十九，五常政大論篇第七十。
卷二十一，六元正經大論篇第七十一，刺法論篇第七十二(遺篇)，本病論篇第七十三(遺篇)。
卷二十二，至真要大論篇第七十四。
卷二十三，著至教論篇第七十五，示從容論篇第七十六，疏五過論篇第七十七，徵四失論篇第七十八。
卷二十四，陰陽類論篇第七十九，方盛衰論篇第八十，解精微論篇第八十一。
折疊靈樞目錄
卷一、九針十二原第一，本輸第二，小針解第三，邪氣藏府病形第四。
卷二、根結第五，壽夭剛柔第六，官針第七，本神第八，終始第九。
卷三、經脈第十，經別第十一，經水第十二。
卷四、經筋第十三，骨度第十四，五十營第十五，營氣第十六，脈度第十七營衛生會第十八，四時氣第十九。
卷五、五邪第二十，寒熱病第二十一，癲狂第二十二，熱病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，雜病第二十六，周痹第二十七，口問第二十八。
卷六、師傳第二十九，決氣第三十，腸胃第三十一，平人絕谷第三十二，海論第三十三五亂第三十四，脹論第三十五，五癃津液別第三十六，五閱五使第三十七，逆順肥瘦第三十八血絡論第三十九，陰陽清濁第四十。
卷七、陰陽繋日月第四十一，病傳第四十二，淫邪發夢第四十三，順氣一日分為四時第四十四，外揣第四十五，五變第四十六，本藏第四十七。
卷八、禁服第四十八，五色第四十九，論勇第五十，背俞第五十一，衛氣第五十二論痛第五十三，天年第五十四，逆順第五十五，五味第五十六。
卷九、水脹第五十七，賊風第五十八，衛氣失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一動輸第六十二，五味論第六十三，陰陽二十五人第六十四。
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行針第六十七，上膈第六十八，憂恚無言第六十九寒熱第七十，邪客第七十一，通天第七十二。
卷十一、官能第七十三，論疾診尺第七十四，刺節真邪第七十五，衛氣行第七十六，九宮八風第七十七。
卷十二、九針論第七十八，歲露論第七十九，大惑論第八十，癰疽第八十一。