明朝后期，衛所軍和營哨軍的分工也開始劃分，衛所軍主要負責駐守，治安，訓練新兵和屯田。
而營哨軍則主要負責機動作戰。
因此，衛所軍成了正兵，而營哨則是機動的奇兵。
到了萬歷時代，為了契合這種分工，衛所軍若想參戰，則必須編入營哨建制，同時，衛所的軍官只負責士兵訓練和日常管理，不負責指揮作戰，而營哨軍官除了要負責士兵的訓練，還要負責指揮。
編入營哨的衛所軍官的編制也要遵守營哨的編制，因此明朝中后期的主要作戰部隊都是營哨軍。
無論是募兵，征兵，還是衛所制度，并無優劣先進落后之分，而是應對不同的情況而采取不同的管理措施。各有各的優勢和缺陷，衛所制的優點是在生產力遭到破壞，社會產出弱時，衛所制度可以有效的節省軍費開支，能夠保證軍隊自給自足，并減輕百姓的負擔。但缺陷是，一方面，衛所軍除了要作戰還要分出部分兵員去從事屯田任務保證軍糧補給，于是，衛所軍中區分了守軍和屯軍，其中守軍是作戰力量，屯軍負責團體。
相比募兵，同數量的衛所兵能夠提供的作戰力量有限，另一方面，由于衛所軍世襲，一旦和平時間較長，軍隊中容易老少摻雜，戰斗力容易下降。
如果軍官侵占了國家供給軍隊的屯田，士兵則會淪為軍事長官的私人農奴，這樣導致守軍數量更少，戰斗力也就很難保證。
衛所制度的設計，和唐朝的府兵制度類似。用于在社會生產沒有恢復時，作為維持大量武裝需求的制度。
而募兵的優點是，招募士兵的兵員可以有更多的選擇余地，不一定非得從軍戶中招募，如果招募很多優秀的兵員，經過訓練，選拔，可以形成一支精銳的力量。
募兵的來源多來與民籍，損失后可以很快補充。
另外，募兵不用像衛所軍那樣需要從事屯田任務，因此募兵可以算是脫產士兵，這就決定，募兵可以在同數額下，動員比衛所軍更多的戰斗兵員，同時薪水較高，能夠讓士兵作戰積極性更高。
但是優點明顯的同時，缺點也很明顯，由于脫離生產，那么糧食，軍餉就都需要國家財政直接負責，因此，相比衛所軍，募兵為主的營哨軍的維護成本更高。一旦國家財政赤字或破產，則很難保證募兵的工資。另外相比衛所軍，也不穩定，由于是來自民籍，因此他們沒有衛所軍的軍籍，于是，在不需要的時候，就可以隨時誰地裁撤，無法保證穩定維持。
更關鍵的是，募兵能否堪用，完全在于募兵之人和負責將領，如果訓練滿足，則可以成為骨干力量，如果訓練差，則戰斗力非常低下。
由于兵源不固定，招募的兵員也是良莠不齊。如果負責招兵的人篩選能力差，那么招募的低素質兵員比例也會增加，這樣，軍隊更容易嘩變和潰散。
在韋寶看來，衛所軍有固定編制，募兵沒有固定編制屬于臨時工，肯定是衛所軍要有優越感的多。
至于誰的戰斗力更強？韋寶覺得還是衛所軍！至少衛所軍都是世代的軍戶，不是民戶，就是靠軍事吃飯的，多多少少都有點概念，都會點傍身的功夫。募兵大都為臨時招募，農民有多大戰斗力？全指望臨時訓練，顯然很不靠譜。
韋寶一行人回到金山里的時候是半下午，暖陽當空，韋寶看著零零落落的房屋組成的金山里，忽然有種久違了的感覺。