孫承宗對此感到不高興，出關巡視寧遠，召集眾將開會，多數將領都想退守山海關，馬世龍建議守中后所，袁崇煥等主張守寧遠。孫承宗采用袁崇煥的主張，于是讓祖大壽修建防御工事，令袁崇煥、滿桂駐守寧遠。
孫承宗擔心自己的權利受到限制，上書朱由校說督師和總督不能同時設立，請求將自己罷免。
朱由校于是終止總督的推選，令遼東巡撫移駐寧遠。
張鳳翼覺得這是置自己于死地，與萬有孚等詆毀馬世龍。
沒過多久，萬有孚被薊州巡撫岳和聲彈劾，張鳳翼于是稱馬世龍和袁崇煥陷害，捏造謊話欺瞞朝廷，試圖阻撓出關的計劃。
給事中解學龍也大力陳說馬世龍的罪過，孫承宗非常生氣，上書給朱由校說邊關的防守策略，說寧遠、覺華不能放棄，并為馬世龍辯解，又揭發萬有孚與張鳳翼等勾結的罪狀。
天啟四年（1624年），寧遠城修復的差不多了，關外的守備器械也已建造完畢，孫承宗上書朱由校請求發軍餉二十四萬，這樣就可以大舉進攻了，但兵部和工部卻橫加阻撓，向朱由校進讒不能給錢，孫承宗上書催促無果，孫承宗大軍因此沒有出征。
孫承宗坐鎮遼東，與天津巡撫李邦華、登萊巡撫袁可立遙相呼應，“關門息警，中朝宴然，不復以邊事為慮矣。”
在這樣相對安定的大背景下，按照戰功來衡量，似乎孫承宗有些碌碌無為。
兵部尚書王永光對孫承宗積極防御的一番作為作過很中肯的評價：“兵家有云，善戰者，無赫赫之功！”孫閣老之所以打的都是小仗，是因為建奴知道他能打仗，再加上登萊兩軍鎮袁軍門的水軍牽制，后金不肯貿然來碰他的霉頭，所以兩年下來，孫閣老和袁軍門一直沒有發動大戰役的機會，而發動戰略總反攻把后金趕出去的機會又不成熟。但反過來說，孫閣老在無形中為朝廷省下了許多軍費，確保了山海關安然無恙，使大明朝廷有了更多的機會養精蓄銳，充分顯示了天朝的不戰之威。”
首輔孔貞運評價孫承宗：“公久歷海上，凡地形險易，軍儲盈縮，將吏能否，虜情向背皆洞若燭照，故登萊終公（袁可立）之任銷鋒臥鼓。”
這也從另一方面肯定了孫承宗和袁可立積極防御之功。
令人惋惜的是，正當孫、袁二公積數年之力準備大有作為組織大反攻之時，閹黨已全面掌控局勢，天啟皇帝不再過多的直接參與政事和軍務。
與兩年前比起來，孫承宗更加孤獨，政治牌面銳減。
不管當官還是當統帥，都靠有人撐腰，都需要權力的支撐。
對于薊遼督師這種大明朝重中之重的位置，更是如此，而且必須得到皇帝最大限度的支持。
本來明軍對建奴的形勢就很不好，即便是皇帝全力支持，將帥都很得當，而且都用命，也難有幾分勝算。
現在還有一件讓孫承宗頭疼的事情就是，隨著毛文龍的東江軍崛起，以祖大壽等人為首的遼西遼東本地世家將門不樂意了。