1580年（萬歷八年），努爾哈赤途徑嘉木瑚寨，借住在穆通阿家中。額亦都與努爾哈赤徹夜長談，相見恨晚，不顧姑姑的反對，決定跟隨于他，并道：“大丈夫生于世間，豈能碌碌而終。我一定會建功立業，不讓姑姑擔憂。”次日，額亦都便隨努爾哈赤離去。
當時，努爾哈赤處境艱難，家中只有十三副盔甲。族人龍敦等人因懼怕明朝，打算殺死努爾哈赤向明朝請功，于是遣人在夜里襲擊。努爾哈赤幸有額亦都隨侍左右，得以轉危為安。
1583年（萬歷十一年），努爾哈赤起兵討伐尼堪外蘭，額亦都隨軍奪取圖倫城、色克濟城、舒勒克布占城。額亦都驍勇善戰，能開十石強弓，經常以少勝多，努爾哈赤對他日見親信。
1587年（萬歷十五年），額亦都率軍攻打巴爾達城。行至渾河時因河水暴漲而受阻。額亦都命令士兵把繩子系在身上，魚貫渡河，并連夜率勇士攻城。守城士卒被驚醒，倉促應戰，亂箭齊發，射穿額亦都的大腿，將他釘在城墻上。額亦都揮刀砍斷箭矢，奮力再戰，身中五十多處創傷仍不退卻，終于奪下城池。戰后，努爾哈赤授他巴圖魯稱號。
不久，額亦都在對薩克察的戰役中，率軍連下克尼瑪蘭城、章家城、索爾瑚寨。后來，界藩城有盜馬賊科什盜取建州九匹馬，額亦都單騎追斬科什，將馬匹全部奪回。嘉木瑚人貝揮巴顏叛附哈達，額亦都將他父子五人全部誅殺。
1593年（萬歷二十一年），葉赫、烏拉、哈達等九部聯軍進犯建州，攻打黑濟格城。努爾哈赤親自在古勒山陳兵抵御，并命額亦都率百騎挑戰。額亦都力斬九人，擊退敵軍，生擒葉赫貝勒布寨，趁勝奪取諾賽寨、兆佳村。不久，納殷路首領搜穩塞克什再次聚集七寨兵馬，據守佛多和山。額亦都與噶蓋、安費揚古攻破佛多和山，斬殺搜穩塞克什。
1899年（萬歷二十七年），額亦都隨努爾哈赤平定哈達部。1607年（萬歷三十五年），額亦都隨貝勒巴雅喇征討東海女真渥集部，奪取席黑、俄漠和蘇魯、佛訥赫拖克索等三路，不久又隨軍滅亡輝發部。
1610年（萬歷三十八年），額亦都奉命安撫渥集部的那木都魯、綏分、寧古塔、尼瑪察四路，招降康古禮等十九人，不久又趁勝奪取雅攬路。1611年（萬歷三十九年），額亦都與何和禮、扈爾漢征伐渥集部虎爾哈路，攻克札庫塔城。1613年（萬歷四十一年），額亦都隨平烏達部。
1615年（萬歷四十三年），努爾哈赤創建八旗，額亦都隸屬于鑲黃旗。1616年（后金天命元年），努爾哈赤自稱汗王，建立后金，任命額亦都、費英東、何和禮、扈爾漢、安費揚古為五大臣，參與國政。
1617年（天命二年），額亦都與安費揚古攻打明朝，奪取馬根單、花豹沖、三岔兒等堡壘。1619年（天命四年），明朝遼東經略楊鎬分兵進犯后金，代善等四大貝勒率軍抵御，兵至太蘭岡。
當時，代善認為汗王尚未趕到，要求先駐軍等候。四貝勒皇太極道：“界藩城（今遼寧新賓西北）有我們筑城的役丁，我們應該保護他們。為什么要駐扎在這里呢？而且還示敵以弱。”額亦都表示贊同。
后金軍于是繼續進兵，抵達界藩城。筑城役丁紛紛參戰，努爾哈赤也率軍趕到，與額亦都等人前后夾擊，大敗明軍杜松部。不久，額亦都作為前鋒，先后在尚間崖、阿布達里岡擊敗明軍馬林部、劉綎部。
額亦都屢隨努爾哈赤征戰，未嘗敗績，每次受到封賞，都分給有功將士，從不獨占。
努爾哈赤對他非常優厚，先后將自己的妹妹、女兒嫁給他。
后來，努爾哈赤封額亦都為左翼總兵官、一等大臣，還將他的部屬分為三個世管牛錄，安置在鑲黃旗、正白旗之下。1621年（天命六年），額亦都在沈陽病逝，終年六十。
額亦都是個非常勇悍的人，他的次子達啟，自幼勇武，深受努爾哈赤喜愛。但是達啟恃寵而驕，無禮于諸皇子，額亦都非常擔憂。
后來，額亦都將兒子們聚集在一起，命人綁縛達啟，抽出刀來，對兒子們道：“天下怎么會有父親殺死兒子，只是這個兒子傲慢無禮，如今若不管制，以后一定會有負國家、敗壞門戶。”將達啟拉入室內，用被子將他悶死，然后向努爾哈赤請罪。
努爾哈赤嗟嘆道：“額亦都為國深思熟慮，實在是無人能及。”
可見額亦都對努爾哈赤的忠誠已經到了匪夷所思的地步，居然可以親手捂死自己的親身兒子。