而失去了兒子和宅邸的定遠君也終日閉門不出，在萬歷四十七年（1619年）底憂懼而死，據說李倧等原本打算安葬定遠君于其母仁嬪金氏之側，但因有人說仁嬪墓有“王氣”而不得不臨時埋在別處。
不僅李倧一家戰戰兢兢，光海君與大北派的政治肅清令各方勢力，尤其是西人惴惴不安，而光海君的亂政及外交上拒絕援助明朝、秘密傳書后金的行為導致眾叛親離，在這種情況下，武人李曙及申景禛（李倧表舅）決定發動政變，推翻光海君，時為萬歷四十八年（1620年）。
除了李倧及其舅舅具宏、表兄具仁垕外，他們還陸續拉攏了金瑬、崔鳴吉、張維、李貴父子等失意文臣及儒生沈器遠、金自點等，勢力在暗中不斷壯大。
在此期間，政變勢力內部曾產生推戴誰的爭論，有人主張擁立朝鮮成宗的次子桂城君李恂的曾孫懷恩君李德仁，但因為政變的主導勢力申景禛、具宏、具仁垕等都是李倧的近親，所以最后還是李倧被選定為政變成功后接替光海君的人選。
天啟三年（1623年）三月十二日夜二更，政變計劃正式啟動，金瑬、李曙等已率從長湍等地帶來的1000多名軍隊集合在漢城西郊弘濟院，李倧也率領親兵至延曙驛與其會師，接著在三更時攻入彰義門（漢城西北門），由于負責漢城衛戍的訓練大將李興立在政變前已被收買，按兵不動，因此政變軍順利攻入昌德宮，并在宮中縱火。
李倧在仁政殿階上坐著胡床，指揮接下來的行動。他先命金自點、李時昉（李貴之子）去慶運宮向被幽禁在那里的仁穆大妃啟稟“反正”之意，接著又派李貴、李德泂等具儀仗奉迎仁穆大妃，大妃不肯出來。
此時出逃宮外的光海君父子被逮捕，李倧騎馬帶著被關在轎子里的光海君去慶運宮謁見大妃，在大妃面前伏地痛哭，表示自己有罪，大妃予以安慰，并命令將御寶傳給李倧，李倧遂于三月十三日夜即位于慶運宮別堂。
次日先以仁穆大妃名義發表教書，廢黜光海君，立李倧為王，然后李倧在慶運宮接受百官朝賀，頒布即位教書，大赦境內，是為朝鮮仁祖，這場政變也就被稱為“仁祖反正”。
一般靠著這種軍事政變上來大位的人，韋寶都覺得是很有本事的。
李倧的確有些本事，只是在這一類人當中，顯得比較弱。
不過，也跟積貧積弱的朝鮮大環境有關。
人口才三四百萬，連年鬧饑荒，朝廷內部還黨派紛爭頻繁，民不聊生，換上特別有作為有本事的君主，也得很費一番心思才有可能慢慢扭轉，更不用說李倧這種比較一般水平的君主了。
李倧繼位后，處決了李爾瞻、鄭仁弘等一大批大北派官僚及金介屎等光海君的寵姬寵臣，為臨海君、金悌男（仁穆大妃之父）等政治犧牲品恢復名譽，并起用在光海君時期失勢的李元翼、鄭經世、李睟光等南人及徐渻、吳允謙等西人。
接著就是對反正功臣的論功行賞，在天啟三年（1623年）閏十月十八日策勛三等共53人，金瑬、李貴、金自點、沈器遠、申景禛、李曙、崔鳴吉、李興立、具宏、沈命世10人為一等，李適等15人為二等，樸惟明等28人為三等。
對于這種結果，并非皆大歡喜，怨氣最大的是李適。
李適也是韋總裁和林文彪的統計署重點關注的對象。
統計署朝鮮站肯定沒有大明本土的遼東站遼西站，山海關站和北直隸站，京城站這么有實力，但是竊取情報，掌握社會上下動態的職能是差不多了的。
李適是反正軍的重要領導，但在“反正”后僅被任命為漢城府判尹，與其形成對照的訓練大將李興立，他只是被臨時收買為內應，在“反正”時按兵不動，卻被特授為工曹判書。
等錄勛結果出來時，李興立名列一等功臣，李適屈居二等功臣，李適內心自然更加不平。
不久后，前教授文晦等告發李適等人心懷不軌，當時李適以副元帥的身份出鎮平安道寧邊，仁祖決定先不動他，而是派人逮捕他的兒子李栴和同黨韓明璉等人。
當時李栴與其父李適都在寧邊，李適殺死仁祖派人逮捕他兒子的使者，正式起兵叛亂。
李適麾下有12000余名精銳部隊，起初勢不可擋，直逼漢城，仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃并率宗親百官倉皇逃往公州避難。
次日李適入京，擁立興安君李瑅（仁祖叔父）。