不過明朝與朝鮮的關系并未因后金的威脅而成為同仇敵愾的聯盟，相反在暗中互相猜疑、防備。
仁祖時期，朝鮮的明朝之間最棘手的問題還是東江問題。
明朝用來牽制后金、聯絡朝鮮的東江鎮開府于朝鮮椵島（皮島），一直被朝鮮視為禍根。
然而仁祖繼位時，需要得到明朝冊封而依賴東江平遼總兵毛文龍的協助，所以表面上的關系還算融洽，毛文龍也先后三次上奏明廷，為仁祖請封做出很大貢獻，仁祖則在冊封前夕的天啟五年（1625年）四月為毛文龍立頌德碑于安州。
不過，仁祖政權從一開始就判斷毛文龍沒有牽制后金的實力，只能給朝鮮帶來麻煩，加上毛文龍部下本身也有強買強賣、劫掠朝鮮等不法行為，兩者關系因而很快轉入緊張，丁卯胡亂時，朝鮮抱怨毛文龍不及時來救，毛文龍則認為朝鮮引導后金來攻擊他，雙方的矛盾陡然升級。
仁祖囑咐都元帥鄭忠信說：“西路（平安道）之事，非但胡也，毛將終必貽禍我國，其地將領不可不預備以待之。”也就是將后金和毛文龍共同作為朝鮮的防備對象。
仁祖繼位后，標榜親明排金，故中止了光海君時期對后金的國書往來，表示要和明朝“協力討虜”，以后金為假想敵來強化軍備，甚至仁祖表示要“親征”后金。
不過，這只是一種姿態而已，仁祖政權沒有勇氣與實力去招惹后金，所以實際上采取的是盡量避免刺激后金的政策。
一個代表**例是天啟四年（1624年）四月，毛文龍要派人去咸鏡道巡邊，朝鮮君臣生怕其挑釁后金而惹禍，不僅仁祖親自勸阻，備邊司也擬定了回避策略，以備毛文龍征朝鮮兵的情況。
仁祖朝延續并深化了光海君時代的對日和解政策，但因丙子胡亂的爆發而產生波折。
就在仁祖反正那一年，德川幕府第三代征夷大將軍（朝鮮稱“關白”）德川家光襲職，負責日朝外交的對馬島于同年冬派源智次出使釜山，祝賀仁祖即位，并將德川家光襲職之事通報朝鮮，希望派遣通信使以維護德川家光的地位。
朝鮮爆發李適之亂，李適軍中的“降倭”發揮了很大的威力，因此在仁祖逃亡途中，朝臣李廷龜和吳允謙主張借兵日本，仁祖病急亂投醫，竟一度同意，特赦有罪之臣李景稷并派其去東萊倭館借兵，后因有所顧慮及叛亂被迅速鎮壓而未付諸實施。
“你們怎么會想到向日本借兵？簡直荒唐！即便大明有困難，可能一時半會沒有辦法直接出兵幫助你們攻打叛軍，卻也決不能想到向建奴和倭寇靠近啊！”韋寶嘆口氣道。
李倧聞言，急忙點頭道：“我們并沒有這么想，只是，使臣大人請體諒朝鮮的難處，如果叛軍勢大，朝鮮危機，該怎么辦？”
李倧的想法很單純，就是想抱住大明的大腿。
而朝鮮大部分的大臣的想法，則與李倧的想法是不同的。
各個派系身后都是各地的世家大戶，這一點，與大明的情況何其相似？
倭國經常打朝鮮，但是不少世家大戶，不少兩班大臣仍然會想要向倭國靠近，并且從倭國借兵，與倭國親近！
大臣們對建奴的仇視態度是與李倧一樣的，對毛文龍的仇視態度，也與李倧一樣。
所以，在對外關系問題上，在軍事問題上，李倧與多數大臣矛盾的點在于，大臣們希望自己的勢力在地方鞏固加強！這又等同于第一個李倧想冊封父母的問題了，大臣們，絕大多數的官僚，只希望得到更大的利益，更大的權勢，絕對不希望中央王權過于強大！
可以說，這個矛盾是無法調和的，基本上每個皇帝和王，都會遇到。
光海君重用大北派，鏟除其他派系，結果樹敵過多，自己先被推翻了！
李倧聯絡拉攏各個派系，甚至包括沒有在當初支持廢黜仁穆王后的大北派的人，這些動作，是希望讓各個派系混合相處的過程中，他逐步增加，增大支持他的西人黨的力量。