可以說明朝的巢湖水師興起于亂世之中，元朝末年，各地起義風起云涌，元朝統治大廈將傾，都為大明水師的創立提供了條件。
身居一個大動亂時代，巢湖人俞廷玉父子并廖永安弟兄，為保護鄉里聚兵巢湖，在姥山島修船塘，訓練水師。
這支最初只為保衛家園的水軍逐漸發展壯大，成為一支群雄矚目的水上勁旅。
當時，最有實力的除了元軍之外，還有陳友諒、張士誠等人領導的起義大軍，參加紅巾軍的朱元璋是后起之秀，崛起于江淮之間。
幾支力量在長江中下游流域展開了拉鋸戰，誰能最后勝出，巢湖水師成為一支舉足輕重的力量。
俞氏父子、廖家兄弟是歸附元朝還是倒向義軍，直接影響到中國未來數百年的歷史。
1355年，這一年是朱元璋命運的拐點。紅巾軍首領郭子興病死，朱元璋統領義軍。
大軍駐扎和縣，朱元璋決定渡江謀取南京，建立穩固的根據地，而攻取南京必經采石，欲渡長江，卻困于水師舟船不濟。
朱元璋起義以后，它主要的部隊是陸軍和馬軍，水師幾乎沒有。
沒有水師，如何揮師南下。
正在朱元璋焦灼不安之際，俞氏父子和廖永安、廖永忠兄弟致書朱元璋，俞通海三次到和縣，表示歸附的誠意。
可以想像朱元璋聽到之后的狂喜，立即講“天助我也”，發出這樣的感嘆，并且親自帶著幾個大將到巢湖，跟巢湖水師的領袖們進行會商。
兩個部隊會和，合作組成一個聯軍。
自俞氏父子廖氏兄弟歸附之后，朱元璋實力大增，一夜之間擁有一千多艘大小戰艦。
元軍聽說巢湖水師和朱元璋合作，膽戰心驚，立即派出部隊，但被打得大敗而逃，一直追到長江里面去了，在那里發生了一次決戰，巢湖水師一舉取勝，所以元軍殘敗的水師部隊退回蕪湖，這樣朱元璋的部隊坐著巢湖水師的戰船浩浩蕩蕩進發采石。
隨后，俞通海率部攻克采石磯，向南京進發，很快拿下南京，朱元璋改南京為應天府。但是，他面臨兩大敵人，東邊的張士誠和西邊的陳友諒，一個在太湖，一個在鄱陽湖。巢湖水師和鄱陽湖水師、太湖水師分頭決戰，都把他們戰敗，最后控制整個長江流域，統一南方，建立了明朝的根基。
從大明朝水師的演變也可以看出大明的世襲制度真的是全方位的，現在大明的水師主力都在福建，領軍的將領也幾乎全部是姓俞的人，俞大猷和俞咨皋父子都是大明歷史上響當當的水師將領。
但是發展到了明末這個階段，大明陸軍的變化不是很顯著，大明水師的變化卻是挺大的了。
隨著火器的大量應用，海軍戰術也隨之發生了重大改變，抗倭名將俞大猷適時提出“海戰不過是以大船勝小船，以大銃勝小銃；以多船勝寡船，以多銃勝寡銃。”
由此可見，明代的海戰很早就進入了近代的模式。
在嘉靖年間，明軍的戰船一半的戰斗人員都使用火器。
明朝水師的裝備，主要以福船為主，誕生于福建沿海的一種船型的統稱，其底尖上闊，首尖尾寬兩頭翹。
建材主要為福建的松、杉、樟、楠木，共有六號。
海戰用的福船，是指一號和二號。
按曾在1560年取得數次大勝的抗倭名將戚繼光云：“福船高大如城，非人力可驅，全仗風勢，倭船自來矮小如我小蒼船，故福船乘風下壓，如車碾螳螂。斗船力而不在斗人力”。
據《武備志》云“用火器與浪漕間，起伏蕩漾，未必能中賊。即使中矣，亦無幾何，但可假次以嚇敵人之心膽耳。所恃者有二：發射佛朗機。是惟不中，中則無船不粉，一也。以火球之類于船頭，相遇之時，從高擲下，火發而賊船焚，二也”。由此可見明朝水師船型大，干舷高，在沖撞等近戰場合有明顯優勢。
1405年，明永樂三年，明成祖命太監鄭和率領二百四十多海船、二萬七千四百名船員的龐大船隊遠航，經過南海、東太平洋、印度洋，到達東南亞、紅海和非洲東海岸，訪問了亞洲、非洲30多個國家和地區，加深了大明帝國和南海、東非的友好關系，史稱鄭和下西洋。