蒙古各部卻處于各自為政的封建割據狀態，大汗權勢衰微差不多快淪落到察哈爾一家的汗王。
明朝控制著遼東地區，在這一地區仍然具有較大的政治影響力。
這三方角逐的結果是后金勢力逐漸做大。
林丹汗針對如此復雜的局面，曾經躊躇滿志妄圖重新統一蒙古各部。
林丹汗執行了一條錯誤的路線，他未能利用身為蒙古大汗的政治影響力和智慧團結同族各部，卻同室操戈、骨肉相殘對蒙古各部進行了兼并戰爭。
其結果是造成東北地區蒙古各部，奈曼、敖漢、巴林、扎魯特，科爾沁等部族紛紛歸附后金。
林丹汗在兼并周邊蒙古各部接連失利的形勢下，把軍事鋒芒轉向右翼蒙古各部向西推進，以謀求新的發展和反攻機遇。
右翼蒙古各部反對他的入侵和兼并，進行了頑強的抵抗。
喀喇沁部地處右翼蒙古的前沿，以前與林丹汗素來有矛盾。
早在喀喇沁部巴雅思哈勒在世時，其第四子滿五素由圖們汗收養為義子。
圖們汗派遣其部下駐在喀喇沁部駐地以示保護。到了林丹汗時期，滿五素率領原圖們汗留下的部眾回歸喀喇沁部。
林丹漢對滿五素的做法極為不滿，遂要求歸還原圖們汗派駐喀喇沁部的人馬而遭到拒絕。
另外，喀喇沁部游牧于宣大邊外，在與明互市中居于有利地位，因此搶占了與明的大部分互市貿易份額，林丹汗對此極其不滿，曾調集10萬大軍對喀喇沁部進行威脅。
同時，他又派遺使臣前往宣府，通報明朝：張家口之地原屬察哈爾部，今后不容許喀喇沁部人在此冒名互市。
喀喇沁部針鋒相對，企圖聯合明朝勢力和林丹汗抗爭，但明朝對此采取了陽奉陰違、袖手旁觀的做法。
在這種事態下，戰爭一觸即發。
在喀喇沁部遭遇林丹汗的幾次兼并戰爭中，其大軍大部潰散，一部分逃入明邊內躲避，一部分被林丹汗俘虜。
喀喇沁黃金家族首領和所擁有的人口因大多在察哈爾的兼并戰爭中被殺被虜而所剩無幾。
喀喇沁內的兀良哈人所屬部民沒有參加艾不哈之戰，在長昂子色棱和孫蘇布地塔布囊率領下歸附后金，因而保存了實力，他們不久之后便參加了后金對林丹汗的戰爭。
原來幸免于難的喀喇沁部黃金家族臺吉和部民，大部分被后金編入蒙古八旗而分離出去。
這樣，色棱和蘇布地塔布囊就繼續沿用了原宗主部“喀喇沁”這一名稱。
喀喇沁部領導權由黃金家族徹底轉入到兀良哈人手中，兀良哈人成為喀喇沁部的新領主。
這也標志著新的喀喇沁部落是由兀良哈人為主體重新組成的。
韋寶分析了一會兒之后，指出：“應該是努爾哈赤沒有將林丹汗放在眼里，而且努爾哈赤這次是針對明廷作戰，根據他們歷年對大明交戰的傳統，他們都將大明當成是肥豬肉，形成了一個默契，凡是一方攻擊大明的時候，另外一方面的人是不會趁機進攻的。而且，努爾哈赤方面也知道我們與蒙古人沒有什么瓜葛。”
韋寶其實早就想與林丹汗取得聯系，但是接觸過幾次之后，韋寶對于與林丹汗聯系不感冒，遂作罷了。
林丹汗本名林丹巴圖爾，是成吉思汗之嫡系后裔、達延汗的7世孫。
布延徹辰汗卜言臺周去世后，由于其子莽骨速早逝，故由長孫林丹巴圖爾于1604年繼承汗位。