劉令譽惱了，就把鳳儀的敗亡作為曹文詔的罪過。
兵部認為曹文詔仗著打了幾回勝仗就驕傲起來了，于是把他調往大同。
崇禎七年七月，清軍入關西征插漢，回師時就隨便進入了大同境內，攻占了得勝堡，參將李全自殺身亡，于是就圍攻懷仁縣以及井坪堡、應州等地。曹文詔同總督張宗衡先駐扎在懷仁堅守。
八月，懷仁解了圍，就移兵駐扎在鎮城，向清軍挑戰，失敗而回。
后來，靈丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清軍凱旋而歸。
十一月朝廷評定各將的罪過，曹文詔、張宗衡以及巡撫胡沾恩一同被定罪充軍到邊地的衛所。
命令剛下達，山西巡撫吳生生就上書推薦文詔知兵善戰，請求把他安排到山西來。于是朝廷命令他做援剿總兵官，讓他立功贖罪。
這個時候，河南的戰禍尤其厲害，朱由檢本來已經同意了兵部的意見，又傳令讓曹文詔率兵緊急前往河南剿賊。吳生生又抗言上書力爭，請求讓曹文詔先平定山西的賊寇，然后進軍河南，朱由檢沒有同意。然而，曹文詔因為吳生生對自己有恩，最后還是取道太原，被吳生生留住了。
這個時候，山西的農民軍首領高加計已被殲滅，而鳳陽失陷了，曹文詔于是整頓軍隊南下，于崇禎八年三月同洪承疇在信陽相會。
洪承疇非常高興，立即就讓他到隨州進攻農民軍，曹文詔追殺農民軍三百八十多人。
四月，洪承疇駐扎在汝州，因為農民軍全跑到關中去了，決定回頭先鏟除農民軍的老巢，于是分別命令各位將領把守要害，發布檄文召曹文詔入關，曹文詔于是騎馬到靈寶拜見洪承疇。
洪承疇認為農民軍在商州和雒南兩地，如果聽說明軍過去，一定會先逃往漢中，那時大軍由潼關進入漢中，反而會落在農民軍的后面。
于是命令曹文詔從閿鄉取山路到商州和雒南，直搗農民軍老巢，然后再從山陽、鎮安、洵陽等地趕到漢中來，阻止他們逃跑。
并且對他說：“這次行軍，道路迂回曲折，路程遙遠，將軍很辛苦，我聚集關中的兵力等待將軍的到來。”然后親切地拍著他的背為他送行，曹文詔二話沒說就前去了。五月五日文詔抵達商州。農民軍距城三十里，軍營的燈火遍山都是。曹文詔半夜率領侄子參將曹變蛟，守備官曹鼎蛟，都司白廣恩等在深山老林中打敗了農民軍，追趕到金嶺川。農民軍仗著險要地勢以一千名騎兵出來迎戰，曹變蛟大聲呼叫著沖進敵陣，各路兵馬一同向前，農民軍又大敗逃亡。曹變蛟勇冠三軍，賊兵中一聽說大、小曹將軍，都非常畏懼。
沒過多久，闖王高迎祥、八大王張獻忠率領的各路農民軍攻打鳳翔，向汧陽、隴州挺進，曹文詔從漢中奔赴前線。農民軍都奔向靜寧、秦安、清水、秦州一帶，兵力將近二十萬人。
洪承疇因為文詔的兵力同張全昌、張外嘉的兵力加在一起也只有六千人，與農民軍相比較懸殊太大，向朝廷告急，沒有得到任何指示。六月，明軍在亂馬川同農民軍相遇。前鋒中軍劉弘烈被抓獲，不久副將艾萬年、柳國鎮又戰死。曹文詔聽說后，瞪著眼睛大罵，立即趕到承疇那里請求進軍作戰。洪承疇高興地說：“不是你曹將軍，沒人能消滅這股賊兵。但我的兵力已分派出去，沒法派出接應你的隊伍。將軍出發以后，我會從涇陽趕到淳化做你的后盾。”
曹文詔于是率領三千人從寧州進軍，在鎮寧的湫頭鎮同賊兵相遇。變蛟率先登上城墻，斬首五百人，追敵三十里，曹文詔率領步兵跟在后面。賊兵埋伏下的數萬騎兵突然出來包圍了他們，箭像刺猬的刺一樣密集。賊寇并不知道是曹文詔的軍隊，有一名小兵被俘后捆綁得心急了，大聲呼叫說：“將軍快來救我！”農民軍中間的叛兵認識曹文詔，指點給農民軍說：“這就是曹總兵。”農民軍高興起來，就更加緊了包圍圈。曹文詔左右跳蕩，親手殺了幾十個農民軍，輾轉拼戰了幾里路。最后體力不支，拔刀自殺而死。游擊將領自平定以下死亡的有二十多人。
洪承疇聽說這個消息后捶胸痛哭，朱由檢也為他痛心，追贈他為太子太保、左都督，賜予祭葬的恤典，讓他的子孫世襲指揮僉事的官職，并命令有司為他立了廟，每年春秋兩季予以祭奠。曹文詔的忠誠、勇武，世間無比，被稱為明末良將中的第一人。
對于他的死，農民軍中相互慶賀。
曹文詔能跑到關外來接應內喀爾喀的人馬，這是連韋寶都沒有料到的事情。
韋寶只是派人給薊州軍各個駐地送了信箋過去，至于誰會買他韋寶的賬，韋寶實在沒有把握。