其四，清兵清餉是件好事，然而戰爭在亟之時能清出多少餉來？而增設一衙門要增加多少供應，并增加多少護衛，這是利少而弊多呀。疏上。
熹宗遣使臣坐鎮山海關的敕書已草成，準備發行。
他閱覽紹軾與諸臣密揭后，覺得言之成理，下旨暫停發敕書。
數日后，熹宗在魏忠賢、顧秉謙等人唆使下，下旨逮捕東林黨人，要將他們一網打盡，朝廷上下一片沸騰。
紹軾上言勸阻，毫無效果，便托病不出。
結果左副都御史楊漣、左僉都御史左光斗、御史黃尊素、文選員外郎周順昌等慘遭殺害。
就在此時，禁衛吏役在蘇州亂抓人，激起民憤，顧秉謙認為是亂黨作祟，要強力鎮壓。
紹軾以為不可打擊面太寬，顧秉謙聽了他的建議，只懲治了為首者，脅從者一律得以寬恕。
這年四月，熹宗晉紹軾少保兼太子太保，改戶部尚書、武英殿大學士，蔭一子錦衣衛副千戶世襲，復賜銀幣坐蟒，照新銜給應。
得誥命，紹軾即上辭謝疏。
丁紹軾為官雖近二十年，實際在職僅十年左右。
他性素謹密，忠于國家，為了國家安定，敢于、善于向皇帝直言進諫；處處息事寧人，與同僚和諧相處，視朝中同鄉為知己，多方關心他們。
對親友尊敬，對伯叔兄弟敬愛。
在居家守喪和病休的八年時間里，拿出自己薪俸為鄉黨修堤筑墩，建造三座寶塔，加固水口，立會莊田以贍后學，并對家庭梓里之間的困難、矛盾，竭力支助，悉心調解，人人稱頌其賢德。
“韋爵爺，你對我說句實話，你想開放通商口岸，想控制大明所有水師，究竟想干什么？是不是想培植自己的勢力，成為有足夠兵權與朝廷對抗的地方實權派？”丁紹軾問道。
“這個話題，我不想多談，我說絕對沒有，丁大人你相信嗎？”韋寶道：“將大明水師全部收編在一起，可以進一步裁撤軍隊，現在大明水師的兵額是十萬，這還是我主動裁掉了一半登萊水師之后的數字！否則還得更多。一旦合兵一處，實力能得到加強，兵餉能得到縮減，豈不是兩全其美？至于開放通商口岸，對地主們有一定的沖擊，但是對老百姓，對大明朝廷，一定是有益處的！這一點，相信你們都能想明白。至于我個人，請您看看這道奏本。”
韋寶說罷，直接將要拿給顧秉謙，讓顧秉謙具名上呈的奏本拿給了丁紹軾看。
丁紹軾看了一遍，“你請陛下委任海防總督衙門大臣？你不想當海防總督嗎？眼下海防總督衙門未曾設置總督，就等于是你當家啊，這是多少人眼紅的衙門。”
丁紹軾不解的看著韋寶。
韋寶微微一笑：“我自然想當海防總督衙門的總督，不想才是虛偽。但是比起大明社稷，我個人的升遷不算什么，我即便現在稱病回家，十年八年不出山，再過十年，我也不過只有二十五歲，不出問題，我仍然是侯爵，仍然是大明的正三品大員，三十歲之前，閉著眼睛也能入閣。”
丁紹軾點了點頭，韋寶說的不錯，“這么說，韋爵爺果然是無私，是為大明朝廷著想的，真是讓人敬佩！那你為什么不具名？”
“我打算讓首輔大人具名，以首輔大人的名義呈報給陛下。”韋寶笑道。
丁紹軾一怔，立馬明白了韋寶的意圖，也笑了，“你覺得首輔大人會做這種事嗎？這是要擔天下人的罵名的！哪家當官的家里沒有許多田畝？只要開海，外面的糧食，金銀進來，大明做買賣的人多了起來，就一定會對有田畝的人造成沖擊。”
韋寶笑著點頭，看樣子，這幫飽學鴻儒并不是書呆子，他們也是什么都清楚的。
“若是首輔大人不肯幫忙，我就算了，不理這件事了，因為我人微言輕。”韋寶道：“我是聽聞陛下為今年的巨額兵餉空缺煩惱，才想著幫朝廷獻策。獻策的目的已經達到，做的太多，反而容易引起猜忌。”
“這件事，一定會引起非議。若是我上呈陛下，有人會反對。若是那頭的人上呈陛下，東林官員一定會群起反對，不要以為你控制了大理寺和都察院，控制了言官就能霸占視聽。”丁紹軾道：“韋爵爺，我個人來說，是贊成你這么做的，覺得這是一個不錯的法子，對大明利大于弊。”