與刀狩令在歷史上多次一次出現不同的是，海賊停止令在日本史上第一次出現。
在日本史特別是南北朝時代以后中的海盜，大多是領地臨海的豪強。
他們如大名擁有領地，在海上擁有地盤海上權、海上支配權，并且擁有相互的聯合組織等，在一定規模的組織中活動著。
因此，就像國人眾和一向眾不是一向宗那樣，從性質上來說他們與單純的海盜是需要區分開的，他們也被稱為“海賊眾”。
當然他們也會像一般意義上的海盜一樣，有時會襲擊沿岸地區和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委托進行船舶的警衛警固也是主要活動之一。
特別是室町幕府在勘合貿易時，幕府被迫承認他們的合法性，賦予他們警固海面的任務。因此海盜們也被稱為“警固眾”。
與此相關，他們以護衛名義收取的金錢被稱為“警固費”，為了警固的委托和收費而設置在登陸港等地的設施被稱為“警固關”。
室町時代后期幕府的權威衰退，權力分散后，各地的海盜們也進行了政治上的自立，不再是服從某個大名，而是作為對等的關系，或者雇傭兵行動，作為與大名等獨立的組織活動。
因此，根據時勢隨機應變地改變支持大名的情況也經常發生。
而造成這樣的一個可能因素是，由于社會貨幣經濟、物流的改變等，貿易收入開始超過土地的糧食產出，而海賊眾們的警固費收入增加。
到了戰國時代后期，有力大名將海賊眾臣屬化作為水軍的情況也變多了，宇喜多家最初控制的岡山眾就是原本鹽飽水軍的下級海賊眾。
后來隨著宇喜多家的逐漸強大，勢力橫跨瀨戶內海兩岸，就連鹽飽水軍自身都不得不臣從秀家。
就連瀨戶內海西側的原本屬于毛利家配下的村上水軍，也因為秀家控制尹予被一分為二，領地在尹予的海賊眾成為了秀家的下屬。
秀吉下達的海賊停止令，要求全日本的水軍眾停止從事海賊行為跟終止征收帆別錢、警固料的權利，也對走私交易進行杜絕，將日本的對外貿易統合于朱印船貿易，及授權給特定的大名對外進行貿易。
秀吉在海賊停止令中的措辭非常嚴厲，只給了海賊們一下三種選擇
其一，對于特定的擁有極大勢力的海賊頭領，被要求成為豐臣政權體制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，對于擁有一定勢力的，但是并不屬于號令一方的存在，并且距離豐臣家直領較遠的海賊被要求成為特定大名的家臣團，如村上及鹽飽水軍；
其三，要求海邊零散的海賊眾，這些多是臨海漁村的漁民兼職的活計，他們被要求放棄武裝，成為農民。
當然還有第四條，就是不選擇以上三條路的海賊，全部被要求就地處死。
這兩條政策看起來是穩定治安的政策，實際上是秀吉通過又有法律效力的紙面文書，正是確立了武士和平民之間的界限，為下一步進行全國性質的兵農分離打下基礎。
與這兩道軍事相關的政策同時頒布的，還有針對切支丹的伴天連追放令、針對貿易的樂市令以及針對知行統計的天下檢地令。