激烈的戰斗中，凌雪陷入了瀕危狀態。就在這時，她體內的納米刻印與「銀翼」發生了未知反應，戰甲散發出耀眼的光芒，進化出了預言中「星穹形態」。
戰斗結束后，周行發現凌雪頸間的吊墜與學院地底封存的「星淵之鑰」產生了量子糾纏。通過解密吊墜內的芯片，兩人震驚地發現，凌雪竟是初代「銀翼指揮官」的克隆體，而她的記憶被刻意覆蓋。
凌雪在知道真相后，強行闖入學院禁地。她激活了「銀翼軍團」的休眠ai，整個訓練場被一股強大的能量籠罩，重構為初代銀翼指揮官的訓練場景。
在這里，凌雪的腦海中涌現出許多陌生的戰斗記憶碎片。與此同時，周行被上級指控泄露機密，他被軟禁在院長室。為了證明凌雪的清白和「銀翼計劃」的合法性，周行利用職權調取了星際檔案局最高權限記錄。
他發現，三百年前「銀翼計劃」并非單純的戰爭部署，而是為阻止更高維度入侵的「活體兵器」實驗。凌雪得知這些后，決定不再坐以待斃。她與周行約定在空間站「天樞」匯合，共同揭開真相。
然而，他們的行動被人察覺。凌雪遭遇伏擊，戰甲被特殊粒子炮擊中，粒子炮能分解納米刻印。危急時刻，周行駕駛機甲「蒼藍」現身。他啟動院長專屬的「星軌共鳴」模式，與凌雪的戰甲并肩作戰，擊退了敵人。
兩人成功抵達「銀翼軍團」總部遺址。在這里，他們發現了一個驚人的真相：學院地底的「星淵之鑰」實為封印高維裂隙的鎖，而凌雪的克隆體身份是為了周期性重置「銀翼」來抵御入侵。
就在這時，叛變勢力首領現身。他揭露周行早已知曉凌雪的身份，卻隱瞞了每次重置會加速星球坍縮的真相。原來，他的目的是為了逼迫凌雪自愿犧牲，以換取聯邦與高維生物的和平協議。
凌雪在了解到一切后，內心十分痛苦。但她沒有退縮，她將「星淵之鑰」與戰甲融合，周行的機甲則鏈接全星系能源網。兩人背靠背沖入裂隙核心，試圖從內部摧毀能量節點。
在裂隙核心，他們面臨著前所未有的挑戰。空間規則不斷重組，周行逐漸被數據化吞噬。凌雪看著周行，心中滿是不舍，但她還是咬牙啟動了自毀程序。就在這時，周行將院長密鑰植入她的戰甲：「這次換我陪你重寫結局。」
雙機爆炸的能量波成功閉合了裂隙。奇跡發生了，凌雪的納米刻印因周行的密鑰獲得進化，她成為了首個意識完整的「銀翼宿主」。而周行由于數據化過度，身體逐漸消散。不過，他在消散前留下了全息投影，以能量態陪伴著凌雪。
聯邦授予凌雪「星穹統帥」稱號，并任命她為新院長。凌雪站在觀星臺上，身旁的周行的投影擦拭著她的戰甲徽章，輕聲說：「這次教學評估，可得分高點了。」