輪回了不知道幾百遍，最終，柯爾特找到了恐怖分子，制止了第二次位于市區的核彈襲擊。
而輔助執行《源代碼》計劃的女軍官古德溫在柯爾特最后一次進入虛擬世界之時，中斷了他現實世界殘軀的維生系統，解脫了現實世界的柯爾特。
令人意外的是，虛擬世界并沒有隨之毀滅，而是繼續演繹了下去，說明《源代碼》創建的并不是虛擬世界，而是平行世界。
最終，柯爾特以肖恩的身份，在平行世界和美女克里斯蒂娜幸福的生活在了一起。
大團圓結局。
又仔細看了兩遍之后，孟東來大掌握了這個電影世界觀的設定。
首先，設定每個世界都有一個圍城組織，有一個博士在研究源代碼技術。
設定現實世界為A世界，在A世界，列車爆炸了，柯爾特的意識被注入爆炸事故遇難者肖恩的大腦，進入源代碼世界執行任務。
設定B世界為A世界源代碼計劃創建的所有用于完成任務的虛擬（平行）世界，這些世界火車也都爆炸了，柯爾特都死亡了，或者說他的意識都被收回了A世界。
設定C世界為A世界源代碼創建的最后一個虛擬（平行）世界，，C世界的火車爆炸被柯爾特制止。在這個虛擬（平行）世界運行的時候，古德溫中斷了A世界柯爾特的維生系統，A世界的柯爾特軀體死亡，但A世界柯爾特的意識繼續在C世界存活。
最后設定再設定一個X世界，這個世界的柯爾特也是不斷的穿越平行世界，終于完成任務，阻止了X世界的后續恐怖襲擊，而A世界是X世界源代碼計劃創建的最后一個虛擬（平行）世界，最后X世界的柯爾特意識穿越到A世界以一個未知的身份存活了下來。
有了上面五個設定，接下來再捋電影劇情就會很清楚了。
X世界柯爾特意識拯救了X世界，意識在A世界存活下來，發短信給A世界的古德溫，請求她幫助A世界的柯爾特。
A世界的古德溫收到短信的時候，A世界的火車爆炸還沒有發生，所以她半信半疑，沒有行動。
等A世界火車爆炸事件發生，A世界的源代碼計劃開始啟動，A世界的柯爾特被不斷的投放到無盡的B世界，找尋A世界火車爆炸的真兇。
這些B世界因為是A世界的平行世界，所以火車上都被恐怖分子設置了炸彈，A世界的柯爾特將B世界火車上的所有乘客都審問了一遍，最后終于找到了恐怖分子德里克·佛洛斯特。
A世界的柯爾特意識被回收，拉特利奇博士利用柯爾特獲得的信息制止了第二次核彈爆炸，功成名就。然后博士違反最初的約定，命令古德溫將柯爾特的意識格式化，以待執行下一次任務，在博士的概念里，柯爾特的意識已經成了他功成名就的神器。
其他人都去慶祝了，只有古德溫還在和A世界的柯爾特聊天，因為古德溫收到過X世界柯爾特發送的短信，知道“源代碼”計劃的厲害，所以她最后被A世界的特爾特說服，答應了他“送我回去，中止我的生命”的要求，支走了旁邊的同事，將其送進了C世界拯救火車上死去的民眾，然后在八分鐘結束前中斷了A世界柯爾特殘軀的維生裝置，終止了他的生命。
A世界的柯爾特意識來到C世界（最后一個B世界），輕車熟路的解決了火車上的炸彈，抓住了恐怖分子并將其控制，然后報警。八分鐘之后，這個世界沒有毀滅，A世界的柯爾特意識也沒有消失，他變成了C世界的肖恩·芬特雷斯
電影結尾的時候，C世界的肖恩·芬特雷斯給C世界的古德溫發送了一條短信，請求她拯救C世界的柯爾特·斯蒂文斯。
而因為C世界的恐怖襲擊被C世界的肖恩·芬特雷斯的制止，所以這個世界的“源代碼”計劃還沒有真正成功過。
或許等下一次恐怖襲擊，C世界的柯爾特·斯蒂文斯被派去執行任務，結局還是會被C世界的古德溫拯救。
如此往復循環。
無窮無盡。
這就是《源代碼》的世界。