但是經微臣和都知監衙門一眾宦官核對所有賬冊，發現僅有二百五十九萬三千五百四十二兩銀子實際應用于三大殿重修工程，其余二百三十九萬五千一百四十三兩銀子不知所蹤。”
“什么？”朱由檢勃然色變，猛地站起來，雙目充斥著滔天怒火。
朱由檢來自后世，自然知道這種大規模基建項目歷來就是貪腐的重災區，對負責督建項目的太監、官僚大肆收刮油水早有心理準備，但他還是萬萬沒想到，這幫人居然如此猖狂，近五百萬兩工程款，便被他們貪去兩百多萬兩。
“你可確定？賬目上當真虧空了兩百三十九萬兩銀子？”朱由檢咬牙切齒問道。
曹化淳篤定無比的道：“微臣確定，都知監核查賬目確切無誤。微臣已將三大殿重修工程兩年半以來所有四百三十五本賬冊全部帶過來了，微臣敢用項上人頭擔保，所有賬目虧空都經得起任何人的檢查，證據確鑿，不容狡辯。”
朱由檢拿起折子翻了翻，這本折子只是賬冊總綱，按照他之前教導給宦官的借貸記賬法，清清楚楚，明明白白，將所有賬目虧空全部列了出來。
朱由檢吩咐道：“賬冊全都帶來了嗎？拿十幾本給朕看看。”
曹化淳道一聲“遵旨”，便出了東暖閣。不一會兒，曹化淳再度折返，手中多了十幾本賬冊。
這些賬冊都是朱由檢的“學生”用借貸記賬法核對過的，賬目虧空一目了然。
稍頃，朱由檢看完了這十多本賬冊，確認無誤后，當即下令道：“王承恩，傳朕口諭：著錦衣衛指揮僉事許顯純、鎮撫使崔應元立即行動，擒拿與天啟朝重修三大殿工程有關之一切宦官、官吏，投入北鎮撫司大牢，嚴加看管，追查贓款。
另，嚴正告知李永貞、涂文輔等，若是少了一兩賬款，朕便要他們以命相抵，勿謂言之不預也！”
王承恩出列，應道：“臣，遵旨！”
……
天子一怒，錦衣衛當即緹騎四出，李永貞、涂文輔等宦官以及涉案的工部官吏全被拿下，投入詔獄大牢中，朝野震驚。
三木之下，李永貞、涂文輔等人又非紅黨烈士，豈有不招之理？
很快，在李永貞等人的招供下，涉案宦官、官吏總計有一百二十六人被抓，詔獄大牢人滿為患。
所有罪人招供之后，朱由檢命廠衛和刑部分別審理處置，由于李永貞、涂文輔等宦官積極退贓，將贓款連本帶利都吐了出來，朱由檢這才網開一面，打發他們到鳳陽守陵，并未對他們趕盡殺絕。
此外，駱養性督辦的黃山冤案也傳來平反的消息，除了始作俑者吳榮、吳孔嘉得到應有的下場外，炮制黃山冤案的五彪之三：錦衣衛指揮使田爾耕、東廠理刑千戶孫云鶴、楊寰亦被革職查辦。
至此，魏忠賢得以控制廠衛大權的全部爪牙被抓的被抓，叛逃的叛逃，真正成為一位孤家寡人。
而居于深宮之中的朱由檢，才第一次睡上了安穩覺。