本次軍機會議最終達成了三項決議，一是確立了對后金以守為主的戰略，放棄了短期內收復遼東這項不切實際的計劃。
今后的寧遠防線，堡壘最多只修到錦州一線，不再向東擴張，孫承宗欲以堡壘戰術收復遼東的算盤，可謂是半途而廢了。
在座君臣已經預料到，當遼餉從每年五百萬兩削減至四百萬兩，遼西將門集團必定煽動兵亂，即將督遼的兵部尚書王在晉，已經感覺到萬鈞重壓在肩上。
二是把新軍和軍校提高到關系大明生死存亡的地步，在座官員們都自動成為西山軍校的教員，現在就開始展開軍校的籌備工作。
西山軍校的組織架構是朱由檢抄襲自黃埔軍校的，朱由檢將親自擔任西山軍校校長，副校長為孫承宗，司業【教導主任】為袁崇煥，教授為鹿善繼、茅元儀等。
為了籌備新軍和軍校，朱由檢將從內帑中掏出一百萬兩交由孫承宗，其中四十萬兩將用于西山軍校，六十萬兩則用來組建新軍。
而這，僅僅是新軍和軍校未來一年的開支而已，想要新軍形成戰斗力，西山軍校成為黃埔軍校，朱由檢還必須花費更大的代價。
三是對軍機處群臣的工作安排，首先是軍機大臣孫承宗，負責輔佐皇帝軍機大事，主持軍機處全面工作，并主要負責新軍和西山軍校的籌建。
軍機中丞、兵部尚書王在晉的頭銜上又多了個薊遼總督的職務，會議結束之后，王在晉將帶著朱由檢賜予的尚方寶劍前往遼東上任，總督遼東、薊州二鎮。
袁崇煥、鹿善繼、茅元儀不僅要輔佐孫承宗籌建新軍和軍校，還要負責組建軍機處參謀司，培養參謀人才，這也是為日后朱由檢組建總參謀部打基礎。
范景文、李邦華兩位東林黨骨干則被分配到四衛營，督四衛營。
所謂四衛營，便是皇帝二十六衛親軍中的精銳，分別為騰驤左衛，騰驤右衛，武驤左衛，武驤右衛。
在二十六衛中，其他衛營都是守衛皇城，俱為步兵；而四衛則是隨駕護衛，屬于皇帝的親衛部隊，基本皇帝走到哪里，四衛則跟到哪里，且四衛還是最精良的騎兵，這也是四衛歸屬御馬監掌管的原因。
按照衛所編制，一衛兵馬應有5600人，但如今衛所制度已經徹底敗壞，一個衛所能有一千兵馬都算不錯了。
而四衛營多年沒有征戰，戰力早已荒廢，全部兵馬加起來也不過五千而已，御馬監的軍馬，也僅有三千之數，五千兵卒中，能騎高頭大馬的騎兵不足一千。
在朱由檢的估算中，大概還有兩年他就要領兵親征大戰后金，可作為皇帝親衛的四衛營如此不堪，朱由檢肯定是不滿意的。
于是他便將四衛營交給范景文、李邦華去折騰，范景文督騰驤左右二衛，李邦華督武驤左右二衛。
朱由檢命范景文、李邦華督四衛營，也有為將來改革京營打前站的打算，只是京營牽扯極大，在新軍和四衛營還未形成戰斗力前，朱由檢不打算輕動，以免觸動利益階層，狗急跳墻煽動京營叛亂。
須知道京營一旦叛變，朱由檢僅憑錦衣衛和四衛營，很難有百分百的把握平定叛亂，屆時一旦被京營打進皇宮，生死存亡也只在一線之間了。