在這種情況下，黃斌卿的水軍更是別想得到鄭芝龍的支持，所以黃斌卿占據舟山之后，一直在拼命的擴充實力。
就在這種情況下，魯王被博洛打敗，遭受了一次紹興之敗。
魯王原計劃從陸路撤往臺州，從臺州前往舟山，只不過中間朱弘棟突然冒起，把魯王帶到了金華。
而王之仁當時并不知道魯王中途改了方向，仍然按照原計劃率軍前往舟山。
此時王之仁帶領著一百多艘船，船上滿載著淄重，這些都是魯王再次起家的本錢。
到了舟山之后，王之仁得到黃斌卿的熱情款待，黃斌卿信誓旦旦的答應王之仁，要與他一同反攻杭州。
結果在船上黃斌卿突然發難，將王之仁的船只大部分搶走。
本來監國魯王朝廷剛剛遭受清軍的攻擊，經歷了一次大敗，身后的友軍還趁機捅刀子，這讓王之仁恨之入骨，卻又對復明的大業徹底失去了信心。
王之仁的信心不是突然失去的，本來王之仁已經投降清軍，后來清軍發布了剃發令，各處民眾奮起反抗，浙江很多地方民眾主動站出來驅逐了清軍的官吏。
就是在這種情況下，王之仁受周圍的義軍影響決定起事抗清。
起事之后，王之仁與方國安先后兩次進攻杭州，全都以失敗告終，方國安甚至在杭州城下丟掉了自己兒子的性命。
估計也就是因為這兩次失敗，讓方國安失去了信心，為以后背叛埋一下了禍根。
連續兩次失敗讓監國魯王朝廷徹底失去了進攻的動力，從魯王以下文恬武嬉朝政混亂，估計這種情況對于王之仁打擊不小。
隨后又發生紹興大敗，失敗是情有可原的，畢竟明軍從北京一路敗退過長江，敗退過錢塘江，王之仁應該對明軍再次敗退有心理準備。
但是這次紹興大敗尤其令人氣憤，因為方國安手握十萬大軍，壓根沒有進行抵抗，直接望風而逃，全軍大潰，把好好的浙江抗清大局一次葬送。
很可能是因為這一連串的打擊，讓王之仁徹底對抗清復明失去了信心。
王之仁將家屬乘坐的大船親自鑿沉，全家老少九十三口全部溺海而亡。
隨后王之仁只留下一條大船，大張旗鼓，直駛吳淞江口。
當地清軍以為他是前來投降的明朝高官，迎接款待，將其送到松江府。
吳淞總兵不敢怠慢，立即又將他送到南京。
王之仁穿蟒衣，乘大轎，氣宇軒昂，直入南都。
王之仁隨后見到了早已投降清朝，被任命為招撫江南大學士的洪承疇。
王之仁慷慨陳詞，說自己是“前朝大帥，國亡當死，恐葬于鯨鯢，身死不明，后世青史無所征信，故來投見，欲死于明處耳。”
洪承疇一開始以己度人，還以為王之仁只是效法自己松山故智，作秀而已，于是以禮相待，婉言勸他剃發投降。
王之仁斷然拒絕，大罵洪承疇“反面事仇，先帝贈若官，立廟祠若、祭若，蔭若子;若背義亡恩，操戈入室，平夷我陵寢，焚毀我宗廟，若通天之罪，過李陵、衛律遠矣”。
洪承疇又羞又愧，無地自容，下令將他殺害。
王之仁死前留下絕命詩：
黃沙白浪起狂飈，力盡錢塘志未消。
半世功名垂馬革，全家骨肉付江潮。
詩題四壁生如在，大笑秋空死亦驕。
三百年來文字重，祗今惟有霍嫖姚。
王之仁的死令人唏噓，尤其令人痛恨，因為可以說他是死于自己人背后捅刀子。