可以說，水木控股底下存在三大系，也就是控本系、紫光系、啟迪系。
其中控本系指的是水木控股或其全資子公司直接控制的上市公司，包括同方股份、誠志股份和辰安科技。紫光系以紫光集團為平臺，控制紫光股份、紫光國微和紫光學大，參股文一科技等眾多上市公司；啟迪系通過啟迪控股，控制啟迪古漢和啟迪環境。此外，紫光系、啟迪系分別參股多家A股公司，同方股份是泰豪科技的第一大股東。
誠志股份是水木大學控股的一家從事生物制品及醫藥生產和銷售的高科技上市公司。目前水木控股直接持有誠志股份11.76%的股份，通過全資子公司誠志科榮持有33.44%。水木控本系的另一家上市公司辰安科技，主要依托水木大學公共安全研究院的技術優勢，從事公共安全和應急技術的產業化，水木控股直接持有辰安科技8.16%股份，通過全資子公司水木控創持股18.68%。
至于同方股份，在水木控本系中擁有著特殊的地位，因其規模、知名度均較另兩家上市公司有更大的優勢。同方股份是水木控股唯一的直接控股的A股上市公司，后者依托水木大學的科研實力與人才平臺，走產學研結合之路，定位于多元化綜合性科技實業孵化器，致力于華夏高科技成果的轉化和產業化。截至目前，水木控股直接持有同方股份25.75%，紫光集團持股2.35%。
在水木大學的校辦企業中，紫光系最為龐大和復雜。紫光集團是一家領先的數字化基礎設施和服務企業，并著力發展電子元器件和設備制造產業。截至2018年底，紫光集團在全球擁有4萬名以上員工，總資產約為2700億元。紫光集團是全球第三大手機芯片設計企業，占到全球SIM卡芯片市場份額的20%以上。水木控股持有紫光集團51%的股權，另外49%屬于健坤投資。健坤投資的第一大股東是趙偉國，持有70%股權，另外兩名股東是李義、李祿媛，各持股15%。
啟迪系的平臺是啟迪控股，后者的控股子公司啟迪科服為啟迪古漢、啟迪環境的控股股東，直接持股比例分別為29.44%、16.56%，啟迪科服還通過兩家全資子公司持有啟迪環境7.48%股份。啟迪控股是一家依托水木大學設立的聚焦科技服務領域的科技投資控股集團，是水木科技園開發建設與運營管理單位。啟迪控股官網稱，公司管理總資產規模超過2000億元。
除了水木控股外，還有這十年水木大學設立的‘大學生創業基金會’，這個基金會的主旨是幫助水木大學生創業，以提供創業資金獲得這股份，這部分也是不容小覷，至今參股的公司，按照市場價值股份來算，也是急劇擴大到1800億元，而且因為參股的公司都屬于急劇擴張階段，這部分的價值還在不斷增長中。
秦元清也是有些頭疼，說實在的，很多人對于校企改革是很抵觸的，因為水木的校辦企業，都是屬于優質企業，背靠著水木，這些企業可以獲得水木的技術支持，再加上水木這些年資金充足，不需要從這些企業吸血，這就導致這些企業不斷發展壯大。
可是上級的一紙文件，卻讓水木大學不得不硬著頭皮去執行，只是才沒多久時間，水木大學的改制就遇到了極大的困難，難以繼續推行。
“唉，原本還在想，扶持誠志股份，將生命實驗室的一些專利授權給誠志股份，看來是我想得太簡單了！”秦元清嘆了口氣說道。
黃校長則是大驚失色，苦笑地道：“校長，你可別這么做，現在我們已經是一個頭兩個大，處理校辦企業真的是麻煩事，你要是再扶持誠志股份，雖然可以快速壯大誠志股份，可是我們的麻煩就會更大，這不是公然對抗上級么。”
秦元清揉了揉自己太陽穴，說實在的，對于國內的藥企，不管是國營的，還是民營企業的，秦元清都不怎么看得上，實在是這些藥企巨頭在科研投入上慘不忍睹，哪怕他將專利授權給他們，秦元清都懷疑這些藥企巨頭不會利用機會壯大自身，提升自己的科研力量從而提升實力，而是吃得肥頭大耳的，滿嘴都是油。
這就違背了秦元清的初衷，他希望華夏的醫藥企業能夠將目光著眼全世界，提升自己的實力，以對抗海外藥企巨頭，而不是讓華夏成為海外藥企巨頭肆意戳取超額利潤的地方。
既然交給校辦企業行不通，又不想跟國營藥企巨頭或者民營藥企巨頭合作，秦元清就不由得想到，是不是自己成立一家藥企，然后借助實驗室的專利以此一步步發展壯大，成為新的藥企巨頭。
像輝瑞，能夠成為世界醫藥巨頭，不就是因為實驗室陰差陽錯搞出了藍色小藥丸，從此有了立于不敗之地，憑借著藍色小藥丸在世界攻城略地。
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