朱由校處理完這些事情后，隨后一些日子便是在處理朝政，對于朝政來說，朱由校并不陌生。
在外人看來似乎朝政都是被魏忠賢掌握，但是實際上，不少事情朱由校都會過問的，至于魏忠賢和東林黨的爭斗，他是睜一只眼閉一只眼。
這時皇權與相權斗爭的延續，荒地要從臣子的手中奪回自己的權力。
朱由校看著奏折，魏忠賢就在一旁伺候著。
山東地方上奏折，朱由校便派出御史楊方盛巡按山東。
山西道御史陳朝輔上奏彈劾閣臣馮銓，這其實是崔呈秀安排的。
馮銓十九歲中進士，入選翰林院庶吉士，萬歷四十四年（1616年）授翰林院檢討。[3]他與其父馮盛明同朝為官，人稱“小馮”或“小馮翰林”。
天啟元年（1621年），在河南左布政任上的馮盛明由于在后金入侵遼沈之時擅自離任，被河南巡撫張我續彈劾治罪。
馮銓上書為父伸冤，稱其父乞休在未聞遼警之前，馮盛明遂被判處杖罷，馮銓也隨父回籍。
天啟四年，馮銓在魏忠賢前往涿州進香的路上于道路旁拜會魏忠賢，這時候的魏忠賢正想要一些幫手，就收下了馮銓，并且幫了他一把。
從此之后馮銓就幫助魏忠賢對付東林黨，并且還幫助魏忠賢害死了楊漣等人。
天啟六年（1626年）正月，馮銓進一步傾陷東林黨人，由魏忠賢授意，以馮銓為總裁官，編修了篡改歷史之《三朝要典》。
其時宦官李永貞曾將馮銓與魏忠賢的心腹宦官涂文輔相提并論，說：“內相有涂文輔，外相有馮振鷺，時事可知也。”
可見馮銓已是魏忠賢黨羽中的頭面人物。
四月，馮銓進少保兼太子太保、戶部尚書、武英殿大學士。
不過馮銓成為魏忠賢手下大將之后，因為貪污嚴重，被崔呈秀嫉恨。
而且如今的朱由校正是需要錢的時候，此時不對付他，更待何時。
天啟看了陳朝輔的彈劾，皺眉道：“這個馮銓可是魏伴伴推薦的，怎么這么喜歡錢？
你看看這彈劾，國家艱難之際，馮銓還如此奢靡，比朕過之而無不及！
如此人物怎么做閣臣，正好讓他騰位置，先讓孫師當個閣臣好了。
魏伴伴，你去找這個馮銓，獻上銀子，朕饒他一命。”
魏忠賢連忙跪下道：“老奴領旨！”
說罷，他便起身離去。
魏忠賢帶著東廠的人，氣勢昂揚的前往馮銓的府上。
在宮里，他只是朱由校身邊的一條狗，在太廟，那就是一只待宰的羔羊，但是在外面他就是權勢滔天的廠公！
東廠番子一出現，所過之處為之一空，誰也不敢觸東廠的霉頭。
魏忠賢帶著人來到馮銓府上，直接讓人推門而入，至于門口的奴仆，早已經被番子架著一把刀，整個人跪在地上求饒。
魏忠賢大步走進去，很快就來到了前院的大堂之中。
此刻的馮銓正在后院聽戲玩弄自己的小妾呢，管家慌里慌張跑到馮銓附近喊道：“老爺，廠公來了！”
“廠公來了？”馮銓疑惑了一下，他連忙推開小妾，戲曲也沒心思聽了，他連忙跑去前院的大堂。