之前一直在爭議的商稅以及天津市舶司總算是塵埃落定了，從去年年末一直吵到現在現在，已經過去了三個多月。
最終雙方達成協議，各退了一步，商稅二十五稅一，天津也開了市舶司，而市舶司里的貨物因為是外來的還額外增加關稅，三十稅一這樣。
成立了市舶司之后，三方勢力又開始爭吵有關的市舶司職位，不過這市舶司官長，自然是朱由校這邊的人，他當即派遣孫元化擔任提舉。
同時市舶司也會入駐東廠和錦衣衛的人，東廠每隔三年一換，錦衣衛四年一換，同時市舶司增加一支水師，用于緝私。
這水師由誰統領暫無定論，就連水師也只是一個空架子，兵員船只都沒有，似乎只是一個擺設，這樣大家也沒有在意。
在大家看來，朝廷的財政養陸軍就已經沒錢了，那還有錢養一支水師？
其實王永光他們之所以松口，是呂純如提出了一個問題，那就是漕運。
歷代封建王朝將征自田賦的部分糧食運往京師或其他指定地點的運輸方式，以及運送糧食的目的是供宮廷消費、百官俸祿、軍餉支付和民食調劑。這種糧食稱漕糧，漕糧的運輸稱漕運，方式有河運、水陸遞運和海運三種。狹義的漕運僅指通過運河并溝通天然河道轉運漕糧的河運而言。
而明朝因為倭寇的問題，主要就是利用運河進行南糧北調，而沿著運河一線，依靠漕運生活的人自發的組成了漕幫。
明代漕運發展到一個新階段。這時征運漕糧的有南直隸、浙江、江西、湖廣、河南和山東六省。漕糧又按供應地區的不同區分為南糧和北糧。其數額，宣德時最高達六百七十四萬石。
成化八年（1472）始規定歲運四百萬石的常額。大抵自正德、嘉靖以后，連漕糧改折（約一百至二百萬石）在內才勉強達到此數。主要征自南直隸和浙江，約占全國漕糧的六成。
除漕糧外，還有白糧，由蘇州、松江、常州、嘉興和湖州五府供納，歲額二十一萬四千石。均系當地出產的白熟粳糯米。在用途上，漕糧為京、邊（北邊）軍餉，白糧供宮廷、宗人府及京官祿糧。
漕運在中央，初置京畿都漕運司，以漕運使主之。后廢漕運使，置漕運府總兵官。
景泰二年（1451）始設漕運總督，與總兵官同理漕政。漕府領衛軍十二總共十二萬七千六百人，運船一萬一千七百只，另遮洋總（海軍）七千人，海船三百五十只，專職漕糧運輸，稱為運軍。
在地方，以府佐、院道和科道官吏及縣總書等掌管本地漕事。中央戶部和漕府派出專門官員主持各地軍、民糧船的監兌和押運事宜。州縣以下由糧長負責征收和解運。糧長下設解戶和運夫，專供運役。
而呂純如提出的問題就是開了天津市舶司，勢必會出現海運，這就會影響到漕運，那么依靠漕運貪污的官吏士紳又如何罷休，想必海上肯定會有一片腥風血雨。
也就是說，他們雖然同意了開通天津的市舶司，但是也給朝廷帶來了后續的麻煩。
這事其實有人看到了，崔呈秀當即就把這個事情告訴了魏忠賢，魏忠賢大驚失色連忙跑去告訴朱由校。
朱由校很淡定的說道：“這件事情，太祖爺爺早有預料，此事不必太過擔心，天津市舶司暫時用于北方戰事，漕運那一塊先不動。”