時間來到了天啟二十二年(1640)的一月，在這一年的元宵節后，大明的中樞進行了較大的調整。
首輔袁可立、人事部尚書孫承宗、科技部尚書徐光啟、樞密院使熊廷弼、教育部尚書張以誠等人，全都因為年事已高乞骸骨。朱由棟在象征性的挽留后，允許他們致仕。并給予他們豐厚的賞賜，準許他們回鄉安度晚年。
至此，帝師黨完成了自己的歷史使命，完全的退出了歷史舞臺。
年齡問題是任何人都無法抗拒的，除了五位七八十歲的帝師，還有諸如國防部尚書楊鎬、司法部尚書王在晉、兵役總局局長李世忠、農業部尚書王紹徵、左都御史趙彥等，也因為年齡的原因，先后致仕了。
舊人走了，新人就要上來。經過多方商議、妥協，最后朱由棟通盤考慮后，大明新的中樞機構主要職位以一批年齡在四五十歲上下為主的官員所填充。
首相：馬士英。副相：原駐藏大臣李嘉。人事部尚書：黃道周。
這是大明中樞最重要的三個官職，身為溫體仁弟子的馬士英，方山出身的第一學長李嘉，以及袁可立的弟子黃道周。三人來自不同的派系，但又全都經歷了地方和中樞的歷練，足以保證朱由棟不會大權旁落的同時，國家還能有序運轉。
新任樞密院使：顏思齊。新任國防部尚書：趙率教。新任兵役總局局長，是以前擔任全國后備役軍事訓練總監的左良玉中將——這一位，以前因為朱由棟的慣性思維作祟，本能的不太愿意讓其領兵。但是其子左夢庚在開伯爾的上佳表現，使得朱由棟愿意給這位歷史本位面中的明末大將一個新的機會。
新任科技部尚書孫元化，農業部尚書顧秉謙，司法部尚書洪承疇，原稅務總局局長，方山系出身的王華欽轉任審計署署長。原審計署署長信王朱由檢出任左都御史——這才是朱由檢最喜歡的職位。審計的主要工作是監管地方立法、政府開支和預決算。都察院才是正經的查處貪官污吏的地方。
而袁可立的學生，數學天才倪元璐則出任稅務總局局長。溫體仁的嫡系，大學問家，在新疆擔任布政使，政績卓著的高宏圖則出任教育部尚書。
新任司法部尚書成基命，新任公安部尚書李標——原公安部尚書簡王朱由?則是出任了最高法院院長……
對于朱由棟來說，接下來的兩三年，日子可能有些難熬：大明現在是把渤海、黃海、東海合稱為北中國海。南海則是稱為南中國海。在海軍遭到重創后，南北中國海都暫時不是大明的內湖了。通過海洋，緊密聯系為一體的宗藩體系，以及通過海洋，越來越興盛的商貿往來，都會受到巨大的威脅。
因此，早點把班子調整好了，多一些應對時間吧。
……
1640年2月8日。浙江烏程。