雖然朝廷里爭議很大，但是得到朱由棟反復保證的萬歷皇帝還是下旨：鑒于木邦土司家絕嗣，故而設立大明云南布政司木邦府，下轄三縣。同時增設木邦所。由孫承宗擔任第一任木邦知府，程才勇擔任木邦所千戶。
這時候內閣里沈一貫和沈鯉均已去職，朱賡成了獨相。老頭子一把年紀了，這么大一個帝國如此紛繁復雜的事情一個人怎么忙得過來？所以這會兒朱閣老正忙著和萬歷打官司：皇上，老臣都七十二歲了，一個人怎么行？麻煩給內閣加點人。
本來萬歷也沒準備累死這位和事佬。先后讓大臣們廷推了于慎行和李廷機入閣。結果前者身體不好，沒法上班。后者東林黨人不喜歡（他們想要的是李三才入閣），任命剛發下來各種彈劾就沒停過，只好閉門不理事…...總之，年邁而孤獨的朱閣老根本沒心思在這點小事上和皇帝墨跡。在皇帝派太監來暗示后，朱閣老很快就弄好了票擬，然后順利的批紅。至此，木邦由宣慰司變為云南直轄府遂成為定案。
在這個過程里，最不爽的就是云南布政司了。
沒什么好奇怪的，木邦到底離緬甸近離昆明遠。以前是宣慰司，出了事情云南的地方官沒責任。現在成了直轄府，這木邦的所有事情都跟云南布政司牽扯上了關系。云南的官員高興得起來才怪！
當官嘛，除了少數腦袋有病一天到晚想建功立業的傻瓜。誰不想平平安安的做官？把木邦拿進來直轄，萬一緬甸又打來了呢？丟失國家直轄領土，一個布政使的腦袋估計是不夠的！
所以，面對皇帝和內閣的一致意見，云南的官員們沒法硬頂。但是軟對抗是少不了的：那個，孫大人，我們云南的財政從來都是不夠的，多年來一直都靠四川接濟。所以，這新增的木邦府，辦公經費啊，官員薪俸啊，駐軍費用啊啥的，都得你們自己想辦法。還有，我們云南本來就是荒僻之地，很多縣城的知縣都是舉人擔任，進士擔任縣官的比例在大明兩京十三省里是極低的……總之，這官我們也是派不出來的。
總之呢，朝廷說了，木邦新入，三年免稅。這個我們云南司是絕對支持的。但是其他的，抱歉抱歉，沒有了。
孫承宗在昆明受了這樣的奚落一點都不生氣。相反，他高高興興的和云南布政司簽了個省府協議。其大致意思就是，云南布政司不派官員到木邦府，也不承擔木邦府的所有開銷。但是，木邦府以后的產出，直接繳納到北京的內承運庫，與云南布政司無關！
十一月初，在北京接到這份荒唐協議的朱由棟不由得笑出了聲。然后他飛快的跑入皇宮里，讓萬歷對這份協議蓋了印……之后萬歷根據這份協議，再次頒發圣旨：既然你們云南布政司不想接納木邦。那好吧，木邦以后不是普通的府，改用軍民府編制！
在云貴川這些地方，布政司以下，府和軍民府是同級的行政單位。其不同之處在于，府的官員是流官，由朝廷任命。軍民府的知府是當地的土司，不僅是終身制，而且軍民府的知府集民政、財政、軍事權力于一身！
軍民府與宣慰司的區別則在于：前者要像普通府一樣按期向朝廷納稅。而宣慰司嘛，朝貢就行了。
總之，軍民府這個編制，適用于靠近漢族聚居區，生活習慣有一定漢化，但和普通漢民還是有一定區別的少數民族聚居區。這個軍民府內部出了任何問題，都是由軍民府自己負責搞定。只要軍民府內部的混亂沒有波及到其他地方，搞破天了上級的布政司也不用擔責任。