1607年的8月，朱由棟打著去方山避暑的名頭，直接停了他和南京大員們的每旬例會。一頭扎進了方山實驗室。
所謂方山實驗室，其實就是未來科學研究院的雛形。在這里面，分為幾個大類。
第一類是基礎科學，負責人是利瑪竇。其主要工作是編寫代數、幾何教材。
在穿越以前，朱由棟從小念書都跟‘學霸’兩個字無緣。當他那些天資聰穎的同學玩著玩著就考上了清華北大的時候。他只能通過自己日復一日的刻苦學習才考上了一所二本醫學院校。所以，深知自己并不是天才的朱由棟在爬科技樹的時候是非常老實的。他會耗費相當多的時間和精力，老老實實的把基礎打牢，然后再開始攀爬。
數學，并不會直接產生多少經濟效益。但它是自然科學最基礎的學科，朱由棟生拉硬拽的把利瑪竇帶到南京，就是因為中國此時在數學上的水平已經落后于西方，只有靠著外援來把這塊短板補齊。
第二類是理化實驗室。在玻璃制品迅速走向成熟后，特別是顯微鏡的使用和顯微倍數的不斷提高，使得這個實驗室的進展極為迅速。
當然，目前方山的顯微鏡都是光學顯微鏡，限于光的波長，這一類顯微鏡是不可能看到原子的。但在朱由棟這個穿越者的強硬干預下，方山理化實驗室直接制定出了元素周期表。并且有了簡單的分子結構圖。
有了這兩個東西后，各種物理，特別是化學實驗就有了理論指導。所以，當朱由棟來到這座實驗室后，負責這個實驗室的李之藻就激動的告訴他：硝酸甘油已經可以在實驗室穩定生成，硝化棉也初步合成，銀鏡反應也可以用于大規模生產。
“哦，這不就是說我們的鏡子還可以再賣二次錢？”
對于鉆到錢眼里的太孫，李之藻接觸久了也早就麻木了，根本就懶得譴責。再說了，這實驗室里的實驗做起來，要花的錢簡直海了去，別的不說，前幾天一小塊硝化棉引發的的爆炸，直接掀翻了半個實驗室。
“李先生做實驗的時候千萬要小心，特別是涉及到有爆炸可能的實驗。你對吾很重要，吾不能失去你。”
“臣多謝殿下的關心，只是經過殿下指點，臣只覺得進入了一個廣闊的新天地，有的時候，確實有些忘乎所以了。”
“嗯，總之李先生務必保重自己。哦，對了，硝酸甘油這個東西，可曾交給吳大夫的醫學實驗室做相關實驗？”
“五天前第一批硝酸甘油合成出來后，臣就馬上送了一批過去給吳大夫，吳大夫說要花點時間找體型肥胖，胸部常有繩索勒緊感的病人試藥。所以到底效果如何，臣還不知。不過下一次實驗室全體例會在五天后就要開了，到時候臣再問問吳大夫。”
“很好。李先生，接下來，吾交給你的課題是，與兵器實驗室的趙先生合作，想辦法用硝酸甘油、木粉、硝石、碳酸鈣混合，做出穩定的，便于攜帶的炸藥。”
“太孫確定這四種東西混合在一起能夠產生比如今顆粒化火藥更強的炸藥？”
“吾很確定。只是這四種東西彼此之間的比例到底要如何才是完美，這個就要李先生多費心了。”
“是，如此，臣記下了。”
第三個實驗室就是醫學實驗室。
“學生等拜見老師。”
“哎呀，諸位杏林前輩，你們也不看看吾的年紀，如何敢做你們的老師？”
“達者為先，殿下在醫學上的造詣我等盡皆嘆服不已，殿下理所當然當得起‘老師’二字。”
“不敢不敢，在新醫方面，吾是有些奇思妙想。但在中醫岐黃之道上，吾要向你們學習的可還很多。”
互相寒暄一陣后，朱由棟坐上主位：“又可，你開始吧。”
“是，老師。”恭敬行禮后吳有性開口道：“借助于光學實驗室的顯微鏡和理化實驗室的純氧提取之法，本實驗室的青霉培養速度大大加快。最近兩個月，我們成功的在白喉病人身上提取出了白喉桿菌，在肺癰病人上提取出了金黃色葡萄球菌。近期，在使用本實驗室培養出的青霉對其攻擊后，均實現了完全殺滅。下一步，本實驗室計劃開始**動物實驗。”