整個大明官場上下，現在誰還不知道《金陵日報》上的特刊，其實就是太孫意志的體現？不要說這會兒大家都巴結著太孫，想要往那個大明名臣傳的專欄上蹭一蹭。就單是這個事情，無論文武，都是急著上本表明態度：小小建州，弱得不行，居然敢跟倭賊勾結，這不反了天了？不行，一定要嚴懲！
在大家的意見都很統一的時候，大明政府運轉起來這效率自然是極快的。
五月底，朝廷就發來圣旨，責成坐鎮南京的皇太孫派出使者去日本進行問責。而朱由棟在接到圣旨后，就讓已經準備就緒的犬養棟二再次出使日本，給德川家康帶去了他的親筆信。
在這封信里，朱由棟嚴厲質問德川幕府：你們一方面想跟我們簽約做生意，一方面又跟我大明下屬的建州衛做軍火生意。你們這樣的行為是對我大明嚴重的挑釁。不對！這絕不是挑釁，這就是宣戰！你們德川幕府和我簽訂的條約還沒有干呢，你這會就想毀約了么？
被朱由棟劈頭蓋臉一陣狂罵的德川家康也是極為惱火，他在把竹千代叫來狠狠的罵了一頓后，也只有舔著臉向犬養棟二解釋，說這些事情他完全不知情。因為日本這個體制，幕府對于各地方大名的內政是沒有直接管轄權的，貴使以前是日本人，想來對這個也是很熟悉的。所以……呵呵呵……
當然，朱由棟這會不想也無力和德川幕府開仗，所以，秉承其意志的犬養棟二在德川家康交出平戶港代官和附近一個小大名的腦袋后也沒有再提更多的要求。
而建州這邊就不能輕松過關了。
一開始，得到這個消息的努爾哈赤趕緊的派人再次到北京，希望那幾個交好的御史能幫他們說話。但是這會兒這幾個御史卻是不敢發聲了：開什么玩笑，平時收了你們好處，彈劾一下把你們欺負得狠了的那些丘八是可以。這會兒的輿論都上升到北宋和大金國的歷史了，我身為漢人怎么還敢幫你說話？不行，絕對不行！
建州這邊的人還在想辦法，接到朱由棟暗示的次輔李三才已經指示兵部上了處置意見。
同樣是在五月底，大明朝廷對建州女真發布了圣旨，算是敲定了處罰意見：
一、建州衛統領努爾哈赤親自到北京，向兵部進行解釋、謝罪。
二、謝罪完畢后，努爾哈赤交出褚英和皇太極兩個兒子，送到北京做人質。
三、建州右衛指揮使舒爾哈齊，乃是大明任命的正式官員，你努爾哈赤有何資格將其囚禁？命令你立刻將其釋放，并將其子女、妻妾、部下等，轉交給遼東鎮鐵嶺衛。
四、重新劃分建州衛，除舒爾哈齊的建州右衛之外，代善、莽古爾泰、阿敏等，分領建州前、后、左衛，努爾哈赤以后只領建州中衛。
以上處罰，建州衛必須在今年六月前全部執行，否則將由遼東鎮派出大軍來監督執行！