徐光啟、趙士幀當然也是要南下的：紅河莊以后只是一個生產基地。研發中心是必須要跟著朱由棟走的。非但他們兩人要走，紅河莊里干了一年多的各個工匠連帶其家屬也要全部帶走。
至于利瑪竇，朱由棟則是好一頓坑蒙拐騙：利先生不要舍不得北京城里剛剛發展出來的幾個教徒嘛。到了南京，孤劃一塊地給你給你建新的天主教堂好不好？你看啊，你和耶穌會的聯系都是要通過澳門周轉的，澳門北京之間實在是太遠了。去了南京就不一樣了，全程水路啊！多快捷！嗯，說起來，上次你給我找的磨鏡師相當不錯，我還要繼續擴大規模，你直接讓他們來南京吧……
至于對曹三喜，那就簡單多了：孤要帶你去南方會一會這個時代最會做生意的，你怕不怕？不怕啊？那就走吧！
需要留下來的，是魏忠賢。
“小爺，嗚嗚，照理說奴婢是小爺簡拔起來的。小爺讓奴婢做什么奴婢就做什么……可是奴婢實在是舍不得離開小爺啊。”
“好了好了，快四十歲的人，哭哭啼啼像什么話。忠賢，這也是沒有辦法的事兒。孤要南下，在這大內之中必須要留人。王承恩呢，年紀實在太小，孤走了，他一個人可扛不起整個興華宮。”
“呃……小爺，就不能讓小曹留下嘛？”
“……忠賢啊，你是孤直接簡拔出來的。而大伴……不是啊。”
聽了這話，魏忠賢的情緒一下子轉悲為喜：原來如此，原來小爺最信任的是我！
“奴婢明白了，雖然奴婢舍不得小爺。但既然小爺已經把話說到這個份上了，奴婢若是還想著跟隨小爺南下就是太不知好歹了。如此，請小爺放心，奴婢便是拼了性命，也一定要在北京為小爺看好家！”
“嗯，忠賢啊，聽說你最近兩年都是努力識字，這很好。以后孤去了南京后，北京城這邊的消息，孤只有靠你來傳遞了。不要怕自己的字難看就不敢寫，孤以后只看你的親筆信……”
“是，小爺！小曹前些日子給奴婢講過君不密則……呃……總之請小爺放心，奴婢一定按照小爺的吩咐辦。”
“嗯，好好做。你的未來，可不止一個太監啊……呵呵呵……”
……
萬歷三十四年六月，御史侯慶遠上書，言我朝早有祖制，儲君鎮守南京。但自宣德以來，因種種原因未能施行。今我朝太子、太孫均身體康健，心智成熟。實應恢復儲君鎮守南京之祖制。
此書一上，頓時響應者有之，反對者更是大有人在。但在皇帝、內閣三閣老一致同意下，此議得以執行。
六月十八日，萬歷頒布了一系列圣旨，并迅速的得到了內閣的副署。
其一：皇太孫朱由棟，將于萬歷三十五年出鎮南京。南京六部、都察院等各官員，南京五軍都督府各將軍提督以及南京守備太監具受其節制。以上諸人原本負責事宜，先奏報太孫，若太孫不能決斷者再奏送北京。