他計劃在內閣六部之外，單設樞密院。這樞密院的職責，很大程度上與后世的總參接近：訓練、戰備、招兵募兵、軍隊編制、具體作戰等具體作戰的權利以及對外情報工作，全部交給樞密院——其實就是讓軍人在作戰前后有獨立的指揮權。從此之后，打仗的事情，文臣方面除了朱由棟特別指定，否則將不再對軍人有指手畫腳的可能。
而兵部以前武選司的職責，則由御馬監接手：當然，將武將的人事權完全交給宦官是極不科學的。所以，這御馬監隨著權力的陡然增大，其內部的權力架構也進行了重組。新的御馬監，掌印太監是劉時敏，但樞密院派出樞密副使，兵部派出侍郎長期在御馬監坐堂，也是必然。與此同時，騰驤四衛以及京營全部裁撤，相關人員要么補充入新成立的野戰軍和駐屯軍，要么進行分流。也能防止御馬監的權力過渡膨脹。
在作戰權和人事權被分割出去后，兵部剩下的就是后勤保障和裝備制造了。為了安撫兵部的官員們，朱由棟也承諾，以后朝廷新建的兵工廠什么的，全部劃給兵部管理——當然，裝備是你負責造，但是用的人不滿意，官司打到朕這里來了之后，如果確實是兵部理虧，朕還是會打你們板子的。
總之，這么一拆分重組后，直接帶兵的將領想造反，首先是在造反準備階段無法按照自己的想法在關鍵位置安插自己的親信。其次是一旦造反，軍餉、彈藥全部斷絕：這會兒都進入熱兵器時代哪，沒有槍彈錢糧，你怎么造反？
而管軍官晉升的，管后勤物資和裝備的要造反？拜托，他們手里沒兵啊！
至于你說要是這三個衙門的官員勾結起來造反呢？哎，如果當皇帝都失敗到讓這三個衙門的官員團結一致了，那是得有多失敗？這么失敗的皇帝還用得著別人來造反？
總之，沒有完美的制度，只有相對合適的制度。而目前這么調整，在朱由棟看來，是他能夠做到的極限：還好本屆內閣的首輔方從哲，兵部尚書王象乾年紀都大了，軍黃冊清理完，軍改完成后就會致仕。所以在這時候沒有和皇帝擰巴，真要是碰到那些強項令，便是這些制度都未必能建立起來呢。
“滿桂啊。”
“臣在。”
“朕是這么想的，這首任樞密使呢，就讓麻承詔去做。畢竟，我大明所有的新軍，其實都脫胎于橫海衛。而麻承詔，畢竟是我橫海衛的第一任指揮使嘛。”
“皇上，臣對麻指揮服氣得很，這么安排，臣無異議。”
“嗯，接下來，是關于你的安排。野戰軍的二十個師整編完成后，朕準備在京畿地區放三個。遼寧、山西、陜西共一個。甘肅、青海、新疆共一個。河南、山東、北直隸共一個。西南三省共一個。湖南、湖北、江西共一個。南直隸、浙江、福建共一個。兩廣共一個。南洋地區一個。如此，還有十二個師的機動兵力。朕準備把這十二個師留三個在京師附近作為北方的機動兵力。抽六個出來交給曹帥去打呂宋。剩下的三個，朕準備交給你，再帶回西北去。”