首相，溫體仁。副相，袁可立、李戴。
在一個國家朝綱嚴整的時候，人事是內部管理最大的事情。所以朱由棟思前想后，還是讓孫承宗繼續坐鎮負責官員職務調動的人事部。
勞動部其實就是社會保障部，當然，這個時代什么社保資金醫保資金是不可能有的。但是賑濟災民，保障工人最低薪資，保證農民收益等工作，是維護國家穩定，使得底層百姓不起來造反的最基礎工作。在大明社會新的資產階級和無產階級興起，農民收入不管怎么保障都在相對下降的當下，社會保障愈發顯得重要。所以朱由棟這一次專門拆分出了一個部門來做此項工作。至于第一任尚書的人選，朱由棟選擇了現任南洋總督陳時濟：這一位，還在做縣令的時候就靠近了當時的皇太孫，二十多年下來，履歷和經驗都足夠豐富，忠誠度更是不用懷疑了。
而陳時濟調任后，原方山學子彭子勤則接任了中南總督的位置。
戶部是這一次被拆分得最多的。第一任財政部尚書，朱由棟選擇了曹三喜：這位一方面是銀行行長的位置上待得太久，必須挪一挪。另一方面，朱由棟深知自己大手大腳的毛病。以前有個許弘綱時不時的頂一下他他還知道收斂，現在這個王紹徵軟不拉幾的，從來都是鼓勵皇上多花錢——必須要讓曹三喜這個更強硬的人來管國家的錢袋子，不然朕這會兒把錢花爽了，以后真要開全球大戰，沒錢的時候怎么辦？
曹三喜從皇家銀行離任后，出身于方山學校的數學家李國俊，則是去接了銀行行長的位置——這兩位，一個行商出身，一個是胥吏之子，卻都爬到了朝廷正二品的高位。若不是穿越者獨裁，是怎么都不可能的。
而李國俊以前的兩個副手，王華欽出任稅務總局局長，專職負責大明所有稅收的收取。王執則接任工商總局局長。原戶部尚書王紹徵平級調動到農業部，專管農業。隨同陳子壯一起在奧斯曼出任使節多年的崔呈秀，出任商務部尚書。
從以前戶部里拆分出來的還有一個部門：審計署。是專門對政府部門進行經濟監督的。朱由棟給這個部門配上了讓全國官員心驚肉跳的主官：信王朱由檢。
教育部尚書自然是喜歡教書育人的張以誠。而兼管理藩院的外交部尚書，則交給了陳子壯。
國防部尚書仍然是楊鎬：大明這會的國防部其實就是一個軍隊后勤部。而獨立出來的負責征兵、建立后備役，安置退役士兵，保障將士利益的兵役總局第一任局長，則是朱由棟小時候的侍衛長，原大明皇家軍事學院的院長，李世忠。
第一任公安部尚書，是從方山學校畢業后就一直在各地做推官的簡王朱由?。
司法部的主要職責是負責監獄管理、犯人勞教、訴訟、普法以及未來的大明司法考試等事項。經過大家反復會商，最后定下，由當年在孔府案中表現積極的王在晉出任第一任司法部尚書。
而最高法院院長，自然是熊廷弼出任。
第一任建設部尚書，由文震孟出任：文徵明家族是這個時代最著名的工程師家族，大明幾乎所有頂級權貴的私人庭院都是由其家族設計。大明已經進入了工業時代，城市規模將急劇擴張。家學淵源的文震孟，將擔負起全國道路規劃、新城建設、舊城改造等繁重的工作。
重工業部尚書，由在建設河套重工中心時表現出色的袁應泰擔任。而輕工業部尚書，則由在應天擔任巡撫多年，熟悉輕工業生產的李標出任。
科技部尚書，徐光啟。
衛生部尚書，吳又可。
宣傳部尚書，大明政治學院院長，張世澤。
原通政司主官通政使陳子壯調任外交部后，原順天巡撫顧秉謙出任通政使。而原福建布政使孫傳庭則接任順天巡撫。洪承疇則出任應天巡撫。
都察院左都御史仍為趙彥。
這一批主官里，帝師黨仍然牢牢占據核心職位，但真正的方山學校出身的師生們，已經開始嶄露頭角。同時，整個中央政府的各部官員，經過如此調整后，其平均年齡也從以前的60+一下子掉到了45+。
中央都是如此了，在地方上，方山學校出身的師生們，毫無疑問將會獲得更多的職務。大明官場，新老交替逐步開始。朱由棟花費數十年心血培養出來的近代人才們，開始迭次走上舞臺！