楊洪以獨石入衛，八個城都給了敵人，于謙使都督孫安率輕騎兵出龍門關占據了它，招募百姓屯田，邊戰邊守，八個城得以收復。
貴州苗未平定，何文淵建議撤去布使、按察兩司，專設都指揮使司，用大將鎮守，于謙說：
“不設兩個司，是放棄了這地方。”
建議遂作罷，于謙認為上皇雖然回來了，但國恥未洗雪，正值也先和脫脫不花結怨，請求趁機派大軍，自己前往征討他，以報復從前的仇恨，清除邊患，明代宗不準。
于謙主持兵部工作時，也先的勢力正在擴張，而福建鄧茂七、浙江葉宗留、廣東黃蕭養各自擁有部眾和自封的封號，湖廣、貴州、廣西、瑤、侗、苗、僚到處蜂起作亂，前后的軍隊征集調遣，都是于謙獨自安排。
當戰事匆忙急迫，瞬息萬變的時候，于謙眼睛看著手指數著，隨口講述奏章，全都能按照機宜采取正確的方針方法。
同事和下屬接受命令，彼此看著都感到驚駭佩服，號令嚴明，雖然是勛臣老將稍有不守法度，立即請圣旨切實責備。
一張小字條送到萬里外，沒有不謹慎小心執行的，他才思的暢通敏捷，考慮的周到仔細，一時沒有人能比得上。
他性情淳樸忠厚過人，忘身憂國，上皇雖然回來了，一點也不說自己的功勞。
東宮改易以后，明代宗命令凡是兼東宮太子宮屬者支取兩份俸祿，諸臣都表示推辭，只有于謙一再推辭。
自己的生活很簡單儉樸，所居住的房子僅僅能夠遮擋風雨，明代宗賜給他西華門的府第，推辭說：
“國家多難，臣子怎么敢自己安居。”
堅決推辭，明代宗不準，于是把明代宗前所賞賜的璽書、袍服、銀錠之類，全部封好寫上說明放到那里，每年去看一看罷了。
明代宗很了解于謙，所議論奏請的事沒有不聽從的，明代宗曾經派使者到真定、河間采擇野菜，去直沽制造魚干，于謙一說便馬上停止。
任用一個人，一定悄悄訪問于謙，于謙實事求是地回答，沒有隱瞞，也不躲避嫌疑怨恨。
因此那些不稱職的人都怨恨他，而不像他那樣被明代宗信用的，亦往往嫉妒他。
當敵寇剛剛撤退時，都御史羅通立刻上奏章彈劾于謙登記的功勞薄不實在，御史顧曜說于謙太專權，干預六部的大事奏請實行，好像他就是內閣一樣。
于謙根據祖制反駁他們，戶部尚書金濂亦上疏為他爭辯，但指責他的人還是不斷收集他的材料。
各御史多次用苛刻的文詞上奏彈劾他，全靠明代宗力排眾議，加以任有，他才得以盡量實現自己的計劃。
于謙的性格很剛強，遇到有不痛快的事，總是拍著胸脯感嘆說：
“這一腔熱血，不知會灑在哪里！”
他看不起那些懦怯無能的大臣、勛臣、皇親國戚，因此憎恨他的人更多。
又始終不贊成講和，雖然上皇因此能夠回來，但上皇并不滿意，徐珵因為提出遷都南京，受到于謙斥責。
這時把名字改為有貞，比較容易得到提升進用，經常咬牙切齒地恨于謙。