要知道清正司設立的初衷，就是為了對應這些當下頻發的妖亂和異變，而由大內牽頭出錢出力，專門招攬天下的奇人異士、名家好手；組成的特殊部門。一方面是為了保護天家及其宗室的周全
另一方面，也有通過鏟除妖邪、平定獸禍來變相伸張天家的權威；與外朝爭奪人心、民意的潛在需要；然而，卻因為當初的用人不慎和對應不當，放任幾個蠢貨的私心作祟，差點變成笑話。
因此這一念之差，也也導致了清正司錯過了最大的關鍵人物；結果在后來的爭取各種資源和權利管轄上；始終要低過外朝政事堂諸公，籍此另行建立的暗行御史部/御史臺
直到后來十六衛背景的健銳五營，以及樞密院直屬教導軍特訓隊的建立；這才在異常事態上，形成外朝的政事堂、樞密院和內朝三省；隱隱三足鼎立相互制衡的局面；但清正司依舊是最為薄弱一環。
其中的暗行御史部/兩京里行院；相對實力最強、資源最多。因此在實際運作中被人為分為東都、西京兩部；以為相互制衡監督。固而東都本部編制和管轄最大，但是西京分司卻擁有最精銳的人手。
其次才是軍中背景的健銳五營和教導軍特訓隊；但這兩者之間亦有潛在的差別。前者出自南衙十六衛的中軍體系，也是朝廷常備的野戰軍序列；強調的是通過精選的士卒，針對異類的器械戰陣之道。
后者則是通過與西京里行院的合作，借助一些初步運用成熟的特殊手段，進行血脈激活/體質強化；以較大耗費和代價獲得一批，體質超乎常人數倍不等的強化軍士；配合量身定制的特殊裝備作戰。
相比之下，清正司既沒有健銳五營那般，幾乎無窮無盡的現成軍力資源；也不像戰斗在妖亂一線的兩京里行院，可獲得大量素材與培植原料，掌握著血脈強化、裝備研發和奇物使用、特殊救治手段。
只能算是個中規中矩的存在。唯一的優勢，大概就是在大內撥付內帑的扶持；諸多宗室、外戚和勛貴的參與下，并不怎么缺錢；而且收納各種奇人異士的底線和門檻較低。但是這也帶來另一個問題。
就是這些招攬而來奇人異士，固然是的能力水平不一，在品性和道德上也難免良莠不齊；平時管理起來也是頗為頭大。但是相對可靠的內選將士，卻不免能力平庸不夠突出，在對應妖亂時傷亡頗大。
再加上，內選將士和對外招攬的這兩部分人手，因為彼此習慣和做派的差異過大，導致難以通過日常操練對抗的磨合，形成足夠的協同默契，反而相互之間摩擦和矛盾不斷，沒少鬧出過亂子和是非。
但這也進一步證明了，當初那位拒絕清正司的邀請；并將所有人都痛打一頓的先見之明。因此在各方質疑之下，就連今上也難免對此有所動搖和疑慮；反是尚未監國的太子，痛陳利害才保住清正司。（詳見
直到西京里行院的日臻成熟，外行和內行兩套人馬，相應選拔、改造和晉位的體制逐步完善，才有了可以參照的現成模板。而后，由大內所秘密掌握的血脈激活手段，也終于形成相應的數量和規模。