皇太極率軍包圍南漢山城，以部分蒙漢八旗圍困城池，再以岳托、豪格和三順王阻擊可能到來的高麗援軍。
三順王強大的火器同滿八旗精銳鐵騎配合默契，屢敗高麗援軍。圍城清軍伐木列柵，把南漢山城圍得鐵桶一般，連一只蒼蠅都飛不出去。
困守孤城的仁祖和世子糧草斷絕，高麗人不得不殺馬充饑。
崇德二年正月，高麗援軍從全羅道、忠清道趕來，同清軍展開了血戰。這一場戰役是清軍入朝以來打得最慘列的一場戰役，高麗人以火器兵和弓箭手進攻配合步騎進攻。清軍將領揚古利、達蘭、僧錫、鄂海，特穆爾，弼雅達、阿紐、都敏等人陣亡，三順王的火器軍也遭到了不小的損失，可是高麗人最終未能挽回敗局，被清軍擊潰。
獲勝的清軍趁機追殺高麗人，把整個半島南部都洗劫了一番，擄到人口三十余萬人，但是金銀財寶、糧食牲口卻極少，因為早被鄭芝龍洗劫過一番了，清軍只能撿一點鄭家軍漏下的東西，數量不多，繳獲少之又少。
“得黃金一千兩，白銀三萬兩，珠寶三箱，糧食六千石，牲口八千頭……”岳托手里拿著清單，向皇太極稟報南下清軍劫掠所得。
皇太極眉頭擰成一團：這個什么國家啊，也窮得太不像話了吧？前幾年岳托和多爾袞入宣大劫掠，宣大已經是夠窮了，而且大明還早就處心積慮做了準備，僅僅大同一帶劫得的金銀財寶就比朝鮮整個國家都要多得多。
“皇上，高麗確實太窮了。”岳托念完清單，低聲補充了一句。
皇太極笑了：“擄得三十萬人口，便是最大收獲！這些人帶回遼東，全部充為阿哈。只要有人，還怕什么東西造不出來？有了人，就有糧食，有武器，有火藥。”
被困漢南山城的仁祖見到援軍被擊敗，被迫派人出城求和。
數日之后，仁祖率全城軍民投降。
至此，朝鮮徹底淪為大清藩國。
崇德二年二月，大獲全勝的皇太極帶著十二萬清軍班師回朝，帶回了俘虜三十萬人，劫掠的金銀財寶、牛馬豬等牲口，浩浩蕩蕩離開朝鮮返回盛京。
不過同真實歷史上相比，大明的危機減少了不少，高麗水師被全滅，所有船場都被摧毀，清軍已經無力攻擊皮島。另外最重要的一點是，王妃、王子、群臣家眷都被接去了耽羅島。
盡管知道朝鮮王妃、王子和群臣家眷都被人接到了耽羅島，可是大清已無水師可用，無法登陸遠離陸地，海面又不會結冰的耽羅島。多爾袞等人提議，要讓仁祖交出人來，但是皇太極又不敢把仁祖威迫太緊了，只能提出讓世子去盛京為質，并令仁祖交出堅決抗清的尹集、吳達濟和洪翼漢三人，把這三人押往盛京處死。同時，皇太極還把堅決反清的金尚賢和主張議和的崔鳴吉都給押到盛京關押。
由于次子李淏未落入后金手里，這時候大明其實還有機會，當宣布仁祖交給滿清的國印作廢，令賜國印給李淏，以耽羅島當成朝鮮的反清基地。事實上朝鮮雖然被迫投降，但是軍民的心還是在大明這邊，只要崇禎敢于廢仁祖，立李淏，高麗人自己都不會認同仁祖為正統，只會認大明皇帝冊封的李淏。
紫禁城，朝堂上正為了是否廢除仁祖國主，廢世子，立李淏為國主一事爭論不休。
次輔錢士升道：“陛下，朝鮮國主已經投降建奴，背叛我大明，把我大明賜予的國印都交給了建奴！陛下當昭告天下，宣稱原有的朝鮮國印作廢，新賜國印給次子李淏。”
翰林侍讀學士黃道周卻站出來反對道：“陛下，萬萬不可！若我大明立李淏為朝鮮國主，建奴必殺仁祖極世子！朝鮮乃心向我大明，偽清帝皇太極登基，朝鮮遣使怒斥虜酋皇太極，方遭此大難。大明豈可讓忠于我大明的藩國國主慘遭建奴毒手？”
“臣附議！”東閣大學士張至發站出來表示贊同黃道周的意見。