崇禎接下來的事情很多，首先要做的事情是祭拜孝陵，崇禎在孝陵前痛哭流涕，向明太祖請罪，再次正式下了一道罪己詔。祭拜過孝陵之后，就正式以大儀仗進入皇宮，并在奉天殿登基，不過不需要登基大典，他本來就是皇帝，只要正式宣布，京城從北京搬到南京就好了，然后正式在南京的龍椅上坐下。
之后比較頭疼的是人事安排，崇禎南下，帶回來的文官只有史可法、孫傳庭、路振飛等寥寥幾人，加上反正的錢謙益，從家中來投奔的盧象升等人之外，文官就沒幾個人了，內閣和六部都組不全，更不要說下面的各司了。
之前福王登基時候用的那些官員，目前頭上還戴著從逆罪名，需要經過審訊和審判，確定沒有從逆的才能用。
盧九德是太監，自然不能交給三司會審了，而是直接交給司禮秉筆太監、東廠廠督王承恩和陪伴了崇禎多年的司禮監掌印太監曹化淳處理。
曹化淳和王承恩經過了統一意見之后，直接令人把盧九德拖出去亂棍打死。
另外一個太監犯了罪的太監韓贊周，好容易留下了一條命，但是所有家產被抄家充公，并被趕去鳳陽打掃皇陵。
對于朝中官員和勛貴的審判，交由三司會審，勛貴之首魏國公徐久爵，因為不是從逆主犯，而且是被馬士英、趙之龍等人脅迫，被迫從逆，所以只是削去魏國公爵位，魏國公一族廢為庶民，抄沒全部家產，包括國公府、府內所有金銀財寶，還有魏國公名下的田產、店鋪、作坊、賭場等全部沒收充公，家人也全部廢為庶民，從此不再有魏國公勛爵。
偽忻城侯趙之龍和偽誠意侯劉孔昭全部削去爵位，鑒于兩人已經逃走，家人全部下獄，抄沒全部家產，經過三司會審，趙之龍和劉孔昭九族之內十六歲以上男丁全部問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
偽鄭國公常延齡，削去鄭國公勛爵，因為常延齡是被脅迫從逆，并無多少罪行，因此從懷遠侯降為懷遠伯，沒收半數家產。
馬士英已死，抄沒家產，三族家中十六歲以上男丁問斬，十六歲以下男丁充入奴籍，流放瓊州，女眷充入教坊司。
這時候有言官站出來彈劾李國棟，說他縱容手下人，私自接走犯官馬士英女兒，使二女逃避懲罰。
李國棟反駁道：“李某早已奏報陛下，此二女賞給李某麾下有功之將為妾，那兩員將領都是流賊出身。若是張御史覺得，把女兒給流賊出身的武夫為妾還不算懲罰的話，那御史您也可以把你的女兒給我們的有功之將為妾。”
“粗鄙武夫！厚顏無恥！”那御史被氣得滿臉通紅，讓他女兒給一名流賊出身的武將為妾，那真是敗壞了士子的名聲。
偽弘光朝大學生王鐸，原本是崇禎朝老臣，因為被脅迫從逆，所以只是削去官職，罰沒半數家產。
偽弘光朝禮部尚書姜日廣，削去官職，抄沒全部家產。
其余的各從逆之人，都得到了相應的懲罰，沒有從逆的官員被放了出來，但還沒有官復原職，而是等待朝廷安排，再授予相應的官職，可能有些人會升官，有些人降職，目前南京人手不足，需要先把六部的框架搭起來，再逐一安排。六部框架搭起來之后，下面的官員由各部尚書和侍郎來推薦。
三司會審結束之后，該殺的殺，該流放的流放，該撤職的撤職，幾千顆人頭落地，福王馬士英謀逆案總算宣告結束。
在張書恒調查朱由樞、馬士英謀逆案期間，南京和南京周圍不少士紳也被錦衣衛抄了家，借口都是從逆。這其中大部分人是無辜的，經過三司會審之后釋放，但是他們已經被錦衣衛刮走了大量銀子。
接下來就是對內閣的任命，史可法被任命為兵部尚書、東閣大學士，內閣首輔；錢謙益被任命為武英殿大學士，吏部尚書，內閣次輔；盧象升被任命為左都御史，文淵殿大學士，內閣次輔。這樣內閣就組建起來了。接下來是六部，張慎言為禮部尚書，從監獄里釋放出來的何應瑞官復原職，擔任工部尚書，李國棟推薦了孫元化的長子孫和鼎為工部左侍郎，宋應星為工部右侍郎，孫和鼎和宋應星都是實干的科學家，任命他們為工部左右侍郎有利于大明科技的提升。
雖然李國棟推薦了兩個只有舉人功名的人擔任侍郎，遭到很多官員反對，但是崇禎頂著壓力給準了，內閣的錢謙益和路振飛也通過了。
路振飛擔任戶部尚書，立下大功的方以智和張煌言都以舉人身份擔任了兵部左右侍郎。
高宏圖被從監獄釋放之后，撤銷原吏部尚書一職，降級為光祿寺卿，
李國棟考慮到孫傳庭的鐵面無私，推薦他為刑部尚書。