對付叛軍水師的事情就交給鄭家軍水師了，李國棟的陸師還要收拾幾座城池。在珠江口東岸一帶，還有大鵬千戶所和新安縣城（今深圳南山區）等城池需要攻破。淮軍對付那些爛到極點的千戶所，簡直不要太輕松。五千步兵抵達了大鵬千戶所城外，城內的守軍就主動打開城門投降了。
拿下了大鵬千戶所后，淮軍又直奔新安縣城而去。
攻打縣城的時候，淮軍受到一點阻力，畢竟附近的士紳都逃進新安城內了，這些士紳帶著家仆逃進城內，淮軍來了還不可怕，最可怕的是跟在淮軍后面的錦衣衛，那些閹狗一到，可是要打土豪分田地的，所以這些士紳必須誓死抵抗到底。
也就在淮軍南下清掃附近的千戶所和新安縣城的時候，趁著潮水沖入珠江的鄭家軍水師已經同叛軍水師展開了一場激戰。
施瑯的淮軍水師并沒有參與此戰，而是南下虎門，去接應李國棟他們。施瑯估算著，等自己接回了楚國公之后，珠江水戰也結束了，到時候淮軍陸師就能在鄭家軍水師的掩護下逆流而上，進入廣州，向廣州的偽朝發起攻擊。
東江口的江面上，炮聲隆隆，鄭家軍水師同叛軍水師展開了一場規模浩大的水戰。與其說是水戰，事實上是鄭家軍狂虐叛軍廣東水師。
鄭家軍水師趁著天文大潮的機會，船隊由逆水變成了順水，在潮水的推動下，擺放著前面的鄭家軍小船隊排出了五點梅花陣，直向叛軍水師沖了過去。五點梅花陣的外圍是一圈用來保護火攻船的小舢板，中間是火攻船。五點梅花陣的后面，是鄭家軍的大型炮艦。可是那些大型炮艦擺開的陣型不是一字長蛇陣，也是五點梅花陣，中間是大型戰船，外圍是準備用來跳幫的快船。
“鄭家軍真不愧是專業打水戰的水師啊，靖海侯的排兵布陣比起我們淮軍水師來，確實是強悍多了！”留下來考察鄭家軍的張世文感嘆道，“再看看我們的水師，每次水戰，排的什么陣型？前面是亂哄哄的小船和快船，后面的大船排一條直線，簡直毫無章法。”
若是李國棟在的話，肯定對張世文的這番話不贊同。
事實上，鄭家軍的水戰戰術，在這個時代已經是開始落后了。隨著艦炮的威力越來越大，以往海戰的跳幫作戰模式逐漸被戰列線模式所取代，歐洲強國之間的海戰，已經是采取了一條直線的陣型，以利于大小戰艦一路過去，從頭到尾發揮火力。
而且西方的艦隊，已經取消了跳幫作戰的快船，只保留火攻船和保護火攻船的中小型戰艦。
早在一五八八年的格拉沃利訥海戰之中，英國人就是以大型戰艦、縱火船和三桅快船的聯合攻擊手段，擊敗了西班牙人的無敵艦隊。英軍的戰術就是大艦排列著一字長蛇陣，從敵方艦船跟前排列著一字縱隊駛過，再以猛烈的炮火轟擊敵艦。而英軍的縱火船和小型戰艦是排列著看起來亂哄哄的陣型，不斷的偷襲西班牙人的巨艦。
格拉沃利訥海戰中，英軍的戰術靈活機動，再加上西班牙人運氣太差了，結果遭到了慘敗，在海戰中，十多條戰船被英軍燒毀，敗退之后的無敵艦隊大部分的戰船毀于風暴。
英國人的火炮射程遠，精度高，而那些用來保護縱火船的海盜船，雖然船很小，但是火力并不弱，而且船速非常快，機動靈活的打擊西班牙人的大型戰船，再以縱火船燒毀西班牙人的巨艦。
李國棟的淮軍水師，事實上就是采取了英國人的戰術，在小船上安裝火炮，襲擾敵軍，摧毀敵軍小船，再以縱火船攻擊敵軍大船。己方的大船排列一字縱隊，可以充分發揮各艦火力。