經過了一系列繁瑣的儀式，李國棟出宮，協助廠衛繼續操辦破案之事。
崇禎皇帝大行的消息已經傳遍了整個南京城，城內一片素縞，城外的淮軍大營內，也掛起了白幛，全城內外哀悼崇禎皇帝大行。
錦衣衛衙門內雖然也是一片素縞，但破案的事情并沒有因為皇帝大行而停下來，張書恒反而是抓緊了時間。
案情逐漸有了眉目，弒君大案確實和朝廷中的人有關，牽涉到此案的多半都是一些來自湖廣、兩廣、江西等地的傳統土地士紳，以及這些地方的官員。其中還有人同滿清有瓜葛，在暗中推動此事。
張書恒對整個案件已經有了眉目：那些人收買了乾清宮掃地的小太監，然后讓小太監偷偷把瘟疫死者的衣物帶進宮內，利用掃地的機會，把那些臟衣服在寢宮內抹了一遍。從科學的角度來講，這就是生物武器攻擊了，病毒被留在寢宮內。
小太監干這件事不是只有一次兩次，而是從半年前就開始了。在一次次的感染之下，崇禎終于染上重病。
之后這些人又收買了太醫院的小吏，獲得了假的腰牌，在送給崇禎的藥物里面做了手腳。雖然添加的東西和藥物本身都是無毒的，可是這些東西合在一起，卻變成了使得崇禎皇帝病情加重的毒藥，就這樣，這些人害死了崇禎皇帝。
接下來錦衣衛就開始活動起來，很快他們就找到了物證。
雖然混入錦衣衛的滿清細作已經服毒自盡了，但是錦衣衛還是找到了一絲蛛絲馬跡。
夜幕下的南京城，整個城市沉浸在天子大行的悲痛中。夜幕降臨，一批黑衣人從四個不同的方向，直撲一座深藏在小巷子內的院落。
漆黑得伸手不見五指的南京城內安靜得可怕，這些黑衣人到了院子外面，以繩索飛上墻頭，隨后一批黑衣人爬上墻頭，翻身跳進了大院內。
“什么人？”一名提著燈籠巡夜的人大喊一聲。
“嗖”回答他的是一聲弩箭的破空聲，一支弩箭扎入了這個人的咽喉。
“殺！”帶隊的張書恒一聲大吼。
錦衣衛迅速沖向各種的目標，大院子內立即掀起了一陣血雨腥風，那些企圖反抗的家伙一個接一個倒在繡春刀之下。
另外一個方向，從另外一邊翻墻進來的錦衣衛直奔內院。
內院臥室中，三條彪悍的大漢還未能來得及起床，拿起武器抵抗或者自盡，錦衣衛就已經沖入了他們的臥室內。那三個家伙連自盡的時間都沒有，就被錦衣衛捆得嚴嚴實實的。
張書恒走到三條大漢跟前，他扯了扯其中一個家伙的頭發，卻把那家伙的假發套扯了下來，露出了一顆帶有一根鼠尾辮的大光頭。
“果然是建奴！帶走！”張書恒大喊道。
這些清軍細作也是十分嘴硬，但是他們被帶到了錦衣衛詔獄內之后，張書恒以李國棟發明的水刑、鐵娘子之類的新式酷刑一番審訊，這些人大多數都支撐不住，紛紛招供出來。