表面看來，沈一貫把李三才視作自家人，在向他咨詢對策，實際上沈是想借李三才之口，傳話給沈鯉，暗示內閣存在殺機，迫使沈鯉知難而退，不入內閣。
李三才精明過人，豈不知沈一貫心思？
但沈鯉入閣于東林是一大利好，這種事他李三才盼都盼不來，如何會阻止。所以他并沒有如沈一貫所愿阻止沈鯉入閣，而是催促沈鯉盡早上任，這樣有沈鯉在內閣為釘子，就能打破沈一貫浙黨一統天下的局面。
但李三才還是要給沈一貫回信的。
這封信中，他極力稱贊沈鯉為人忠厚，不會奪他人之美，更不會給沈一貫造成麻煩，以旁觀者的角度勸說沈一貫當與沈鯉同心同德，以社稷為重。
讀了李三才的信，沈一貫自是知道李三才的打的什么主意，從此便不再與李三才聯系，將這漕撫視為小人。
果如沈一貫所料，沈鯉入閣之后立即和他發生了正面沖突。
事情是由礦稅問題引起的。
蘇州發生民變，以葛成為首的蘇州織工，因反對稅使孫隆加征稅銀，開始游街，并包圍了稅署，打死了織造衙門稅使數人，嚇得織造太監孫隆越墻逃走。從此只敢呆在杭州，再也不敢往蘇州一步。
事情報上來后，萬歷自是憤怒，同時也是不安。因為自他廣派礦監稅使以來，各地確是多有民變逐殺礦監稅使，可江南卻從來沒有發生過。且江南織造稅收頗多，經此民變，只怕稅收會大減，影響內庫收入。
萬歷便下諭內閣，問閣臣有何良策。
沈一貫對皇帝的心意十分了解，清楚這位皇帝是不可能停罷礦稅的，當年皇帝突然下旨要罷礦稅，結果天一亮又反悔，就是他四明相公沒能堅持，遂使撤礦一事成為泡影。當時的司禮太監氣的指著他鼻子大罵，此事也是他心中耿耿于懷的事。但他也明白，就算他不交還旨意，皇帝也不可能真的就罷了礦監稅使。
所以他思量半天，提出“包稅包礦”的辦法，即責成各省官員，按礦監稅使核定的數目包征稅銀。或將稅收指標一次性下發民間，由當地折合成銀子上繳。
如此做法，既能使皇帝的內庫稅收不減，也可以減輕地方壓力。因為包稅具體落實下去，地方官府和富戶并不會因此多交稅，最終增稅的還是普通百姓。
萬歷覺得這個辦法不錯，可是沈鯉當場就反駁說首輔提出的這個辦法換湯不換藥。
沈鯉認為眼下要緊的不是變換收稅方式，而是要將遍布全國各地的礦監稅使全部撤回，以息國人之怒，使百姓安居樂業。
萬歷一聽，議都不用再議，拂袖而去。
按沈鯉的說法，萬歷這些年就全白忙活了。
也罷，孫隆被趕到杭州就杭州吧，少了蘇州的稅至少還能有杭州的稅，可要是照沈鯉的說法，把所有稅使全撤回來，那萬歷就什么稅都見不著了。
沈一貫對沈鯉當著皇帝面反駁自己，自是不滿。
此后各地陸續生事。
在如何處置上面，沈鯉的意見全和沈一貫相左，首輔次輔一個要朝東，一個要朝西，使得內閣難以運轉。
有陜西稅使梁永，請求皇帝批準他接領“鎮守”一職，因沈鯉從中阻攔而止。再有，遼東礦監高淮打算以進貢的名義，率領統練的甲兵入京向皇帝陳情，沈鯉連夜進宮向皇帝密奏，加以阻止……
這一切，沈鯉都是直接越過首輔沈一貫獨自行動，令沈一貫大為不快，明白沈鯉如此做的目的就是想取代他。
萬歷曾因國本之爭貶了不少官員，沈鯉認為現在國本已定，應將被貶被免官員起復，但沈一貫卻不同意。萬歷那邊倒是同意了，也發了恩詔，但卻被沈一貫封還。
這事進一步加劇二沈之爭。
沈一貫尋思如何趕走沈鯉，沈鯉同樣也在密謀驅逐沈一貫。