聯合艦隊方案是公公精心設計的，他希望通過聯合艦隊這個“臨時”性的軍事編制把浙江、福建的兵馬攏在一起，繼而打造一個沿海軍事集團，最終依托這個軍事集團占領東亞、東南亞，和西洋人一決高低。
公公很慶幸，他來的是萬歷晚期，如果是萬歷中早期，這個設想就不可能實現。得萬歷信任太監的福，只要他年年有孝敬，年年往內廷運銀子，萬歷駕崩之前，沒有人能把他魏公公扳倒。
而且，朝政上對魏公公今后的發展也有一個利好消息。那就是浙黨出身的方從哲將取代東林黨出身的葉向高領導大明帝國這艘大船。有個浙黨的首輔在，公公和浙黨方面的合作肯定沒有問題。哪怕是貴為首輔，方從哲也不可能背叛他的出身。
按照公公自個擬的聯合艦隊整編方案，艦隊將設司令部及司令長官、補佐幕僚、參謀長、參謀副長、首席參謀等職司。這是個完全后世，甚至可以說是現代化的海軍編組方案。如果完全以公公的整編方案建設大海軍，未來大明帝國的聯合艦隊一定能傲視全球。
可惜的是，因尚未和浙江、福建水師會合，三方也沒有進行軍事層面上的磨合，所以這個整編方案目前也只是紙面上的東西。而在浙江和福建將領來看，這個勞什子聯合艦隊不過就是把原來的把總換個頭銜叫炮術參謀、原來的旗手改個名叫航海參謀，原來的參將叫參謀長，原來的總兵官便是司令長官......
但不管浙江和福建那邊到底如何看待這個聯合艦隊，對于公公給出的整編方案上不上心，有沒有完全按照這個整編方案整頓他們的水師，公公這邊反正是投入心血的。
聯合艦隊整編方案的核心其實就是參謀作業，不難發現，參謀這個職司在艦隊官制中占了很大比例。而早在吳淞水營改編為大明皇家海軍時，魏公公就組建了參謀司。
在參謀作業這一塊，他老人家真的十分重視，早早就安排參謀司的蔣西鳳從軍中及民間挑選招募識字的年輕人，開辦參謀作業班，進行各式參謀作業的培養，如制圖參謀、航海參謀、水雷參謀、聯絡參謀、機關參謀、后勤參謀等。
這些參謀們平均年齡只有25歲，最小的只有16歲，但是其中有功名的寥寥無幾，只有兩個在蘇州店鋪當伙計的童生。
參謀司前前后后一共辦了三次訓練班，共為皇軍培養了參謀學員268名，雖然這些參謀學員所學和后世的參謀人員相比有很大的落后性，但相對于這個時代卻是先進且優秀的多了。
為了讓這些參謀學員能夠更好的將所學應用于實踐之中，公公北上之時便帶了第一批的學員，途中進行考核，根據各自成績打分以便進行分配。遼東寬奠掃擊戰時，又有參謀學員數十名隨軍，經歷了大大小小的戰爭考驗，如今隨著海軍、陸軍的正式成立，這些學員們便正式成為皇軍一員，從普通一兵晉升為總旗、小旗銜。
蔣西鳳主持了學員分配，其中被分到聯合艦隊的參謀學員有120人，余下148人被分在陸軍，近衛師團分得95人，臺灣警備師團則分得53人。