魏公公依舊沒有說服成功，雖說有些失望，但老人家也沒有就此灰心。他已往北京發出加急密揭，只要銀婦能夠打動皇爺，一詔密令開戰的詔書就是水到渠成的事，到時候不怕施德政他們不干。這會公公只是不斷灌輸對日軍作戰的意圖，好讓施德政、侯安之他們有個思想準備。
是否攻打琉球村山部暫時擱置，公公新得明石道友等倭兵歸降，知臺灣并無倭寇，因而于二十三日發布大本營二號令，命聯合艦隊及大明皇帝親軍近衛師團于二十五日自中左所馳往澎湖，再由澎湖登陸臺灣。
二號令特別表明，皇軍一旦登陸臺灣，即于臺灣設立皇軍都指揮使司，島上防務及清剿工作交由臺灣警備師團負責。
當年沈有容曾率部登陸過臺灣，他向朝廷上書請求于臺灣設府縣治之，未果。因而這次登陸臺灣，他特別關心是否將臺灣納入大明版圖。魏公公提出的這個皇軍都指揮使司是臨時設立的軍事機構，還是負責軍民事務的永備機構。
侯安之也關心占領臺灣的日后問題，但和沈有容關心的不在一個點，沈是關心大明從今往后能否永久治理臺灣，而不是如從前一樣放任自流。侯安之關心的是臺灣是否由福建管理。
這個問題對福建方面很重要，福建巡撫黃承玄可是有意將臺灣作為閩地貧民移居開墾的寶地的。
黃承玄擬計劃向福建遷移數十萬閩地沿海百姓，這樣一方面能夠減輕福建地少人多壓力，另一方面則能為閩地百姓獲得一塊可以生息繁衍的土地。來往臺灣的海商和漢民已經確認臺灣可以大規模種植水稻，并且還有大量甘蔗，經營得當，臺灣的稻米和糖加大大增加福建藩庫收入。
所以，如果臺灣劃歸皇軍都指揮使司就和福建沒什么關系了，那福建方面為此次三省聯兵動員軍民上萬，征調大量錢糧豈不就是打了水漂。
對此，魏公公首先明確告訴施德政和沈有容，臺灣以后將永久駐軍，永遠歸大明治理。
其次，寫了八個字托侯安之轉交黃承玄，八個字是謂——“擱置爭議，共同開發”。
好事可能真的多磨，就在聯合艦隊磨刀霍霍準備登陸臺灣時，浙江那邊又鬧妖蛾子了。
準確的說，村山秋安似乎唯恐魏公公不打他一般，竟然主動配合起來。
就在明石道友這邊剛剛歸降時，村山秋安派手下倭人桃煙門帶三艘戰船，倭兵百余人進犯浙江，打破了浙江定海衛的一艘兵船，殺了十幾名浙兵。
其后，這股倭兵又流竄至福州長樂沿海，擄掠了二十多人。只是這股倭兵在駛進東沙白犬澳時，因不識水情突然觸礁擱淺，無奈只好在此地搭了棚房暫住，想奪取過路船只返回琉球。
浙江定海衛將倭寇入侵的消息報到了杭州，長樂那邊也同樣將消息報到了福州。結果因為不知這股倭寇底細，消息漸漸走樣，最后演變成東南有倭寇萬余大舉入寇。