當年，后水尾的父親后陽成天皇之所以讓位，正是出于德川家康的意思。如果說朝廷需要幕府的金錢援助，不得不屈從幕府威勢下，那么，德川秀忠對天皇的私事指手劃腳就更可惡了。
后水尾深愛著自己的女官，并生下一子一女，這件事情本是天皇的后宮之事，卻引起了德川秀忠強烈的不滿，要逼迫天皇迎娶他那才十一歲的女兒和子，這簡直是欺人太甚！
朕是絕不會成為德川家的女婿！
后水尾暗暗發誓，如果不是城外云集的幕府軍隊，他甚至都不愿每天跟例行公事一般派人慰問要與明**隊決戰的德川秀忠。
隱忍，還需隱忍。
京都眼下仍處于秀忠的嚴密監視的把控之中，年輕的天皇縱有萬般的想法，他的重臣們縱有萬般的膽量，也不敢在這個時候露出他們真實的想法。
與明國人的決戰寄托的不但但是幕府的希望，更是天皇的希望。
陛下多么的希望大政能夠奉還啊！
陛下是多么的希望全日本的有識之士能和明國的軍隊一起“尊皇攘夷”啊。
無論是歷史，還是明國人告示，都表明明國對日本絕對沒有領土野心，他們的此次討伐只是單純的要消滅萬惡的幕府政權。
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薩摩藩公開上書反對幕府，深深的刺激到了德川秀忠。
為搶得戰爭的主動權，趕在明**隊援軍到達之前消滅奈良一帶的明**隊，德川秀忠下令京都附近的幕府軍隊向奈良挺近，他要以一場大勝來奠定幕府不可動搖的地位。
14日，八萬余幕府常備軍打著紅、白、青、黃、黑五種顏色的旗幟向奈良挺進。
消息不斷傳回京都，演變成紅彤彤、黑壓壓一片大軍行動的場面，對京都的朝廷產生著心理上的巨大震懾力。
到底是明**隊取勝，還是幕府會取勝，成了京都所有人心中最大的問號。
奈良一線的皇軍也接到了日軍總進攻的消息，兵力上，日軍占據了很大優勢，日軍配備了大量的鐵槍、鐵炮，并且有騎兵作戰，而皇軍在奈良城駐防的僅僅是近衛師團的第一步兵聯隊和部分輜重、工程兵，總兵力不到五千。
大本營傳來了最新命令，魏公公手書“近衛師團一定要取得奈良城保衛戰的勝利！”
與此同時，大明皇軍從各個方向向奈良運動，雙方都在不斷的增兵。
18日，從臺灣啟程經琉球到來的援軍臺灣警備師團第三步兵聯隊，臺灣義勇皇協軍第一聯隊、由福建和浙江招募的兵勇，合計12000余到達津市，旋即向奈良方向增援。
由魏公公的姐夫王有喜率領組成的“有喜支隊”也在大坂成功登陸，為了粉粹日軍的抵抗之心，王有喜旅團長下令對大坂進行洗劫，造成了至少兩萬余大坂百姓的無辜死亡。
大坂方向的明**隊嚴重威脅到了日軍側翼，為了爭取時間，德川秀忠于24日下令攻擊奈良城。
城中皇軍雖兵力處于弱勢，但依托奈良城墻頑強抵抗，并且擁有優良于日軍的火器，致使幕府軍隊一直無法完成重大突破。
經數日苦戰，幕府軍隊仍無法攻破奈良。
戰火中，千年歷史的唐招提寺等古建筑被毀壞。