與此同時，正與日軍進行交戰的第一聯隊、第五聯隊的官兵們都接到了來自聯隊本部命令，這些命令雖然在行文上有所區別，但竟然跟第二步兵聯隊的命令大體一致。
常石殺降事件的后果出現了。
對放下武器日軍的大規模屠殺無疑刺激到了整個皇帝親軍，在部分極端軍官的煽動和刻意組織下，事態向著大本營根本無法阻止、甚至無法預見的一面滑去。
第五步兵聯隊的一個中隊在俘虜了幾百日軍之后，未經請示就將這些俘虜全部坑殺。
“由于日軍的迅速瓦解，我皇軍各部隊的神勇快速推進，約有萬余日本兵被切斷了退路。他們丟下武器向我軍投降。然我軍兵力有限，要處理如此眾多的俘虜，糧食方面的保證根本無法實現。因此，我擅自向所屬各部隊發出命令，要他們效仿常石事件，全部處決掉這些俘虜。”
本來負責收容俘虜的工兵聯隊長安國寺一夜之間處決了一萬余俘虜。常石事件之前，安國寺曾向大本營進言，要善待俘虜。
第三步兵聯隊的一個大隊俘虜了一千多日軍，他們不知道怎么辦，在聽說后方發生了常石事件后，這個大隊立即將俘虜們全部處決掉。
臨時抽調入日的臺灣警備師團第一步兵聯隊長魏廣生是魏公公的九太爺，在到達日本編入第一軍序列后，魏廣生就經常與第一軍各聯隊長聯絡。
常石事件沒有發生前，魏廣生就經常說干嘛要接受那些倭兵的投降，統統殺了不是省事得。早幾十年前嘉靖爺那會，可不見倭寇對我皇明子民有善待的。老輩人可都說了，那東南沿海的百姓叫倭寇們禍害的慘了噢。
這等帶有強烈復仇的言論自然引起了大本營參謀長官蔣西鳳的反感，他向魏公公建議將其調離，但建議多次卻未能獲得同意。
此事令得魏廣生產生錯覺，以為他侄重孫是在默許他行事。于是，魏部一路可謂是燒殺搶掠，所過之處幾成赤土。
又因魏部肅寧子弟眾多，此后數月甚至長達兩年，肅寧籍皇軍官兵不斷將從日本搶掠的財貨運往家鄉，使得從前的北直隸有名的貧困縣搖身一變成了全省有名的富裕縣。
多遠的姑娘都要嫁到肅寧，意外的解決了肅寧兩百年來的出太監的臭名，導致天啟年間宮中太監定額大大不夠。
九千歲魏忠賢對侄兒感慨道：“咱咧給皇爺做一輩子沒能讓家鄉百姓過上好日子，你小子出海晃一圈倒是成了家鄉的活菩薩咧。趕明讓他們別再立咱的生伺了，都立你的，都立你的。”
最讓大本營震怒的不是魏公公的九太爺，而是第一步兵聯隊長，也是常石事件的主要責任人真田一郎。
其在第一步兵聯隊官兵演說中公開宣稱，說什么幕府的一切都是我們的敵人，哪怕山川草木也是！
常石事件之后，真田下發了一道密令，“凡在京都以及京都附近的戰場，一般的日本百姓，縱令是老人、女人或者小孩，部隊都要嚴加注意。近期不斷發生我聯隊官兵被日軍單獨兵襲殺事件，故不能粗心膽大，需要特別注意，尤以后方部隊為然。如果發現這些行為，一律不寬恕，必須采取斷然處置。”
第六步兵聯隊長李炎昭宣稱：“京都是日本的京都，也是皇明的京都。皇軍對京都的占領是帝國意志的貫徹，因此不允許京都存在任何幕府的流毒！”
這些將領的種種言論無疑加深了皇軍在京都作為的惡劣性，使得皇軍在相當長的一段時間內軍紀十分的敗壞。
可讓人難以理解的是，對前線各部隊的胡作非為，身為最高統帥的魏公公竟然未做任何阻止。