正邪兩派攜大勝之余威，直接追殺到妖獸的老巢，東海的一座孤島，又在孤島上奮戰了大半個月，終于殺死妖獸首領，剿滅了所有妖獸凱旋而歸。雙方都覺得大快人心，有一種不可言喻的感覺，原來雙方聯手竟然有這么大的力量。
妖獸大戰結束之后，各自門派互相幫忙打掃戰場，清理各自門派的尸體，和遺留下來的東西。
此次妖獸大戰，雖然取得成功，但南天門實力已今非昔比，可以說是一落千丈，門下弟子戰死太多，雖然別的門派也有很多人戰死，但是相對南天門而言，他們的損失僅僅是九牛一毛，盡管如此，以現在南天門的總體實力而言依然是整個神州大陸的第一門派，依然能夠統領正派群雄震懾魔教。這時的云天真人想，這次大戰之后各門各派應該會好好的休養生息，相信神州將會進入一個相對和平的階段，畢竟這樣的慘狀，有生之年出現一次已經夠了，就算魔教也損失慘重，必然需要長時間休養生息。
就這樣雙方安安靜靜的過了幾十天后，魔教不知為何撕毀和平協議，召集所有教眾，大規模偷襲南天門，由于南天門眾多高手在妖獸大戰中，死的死，傷的傷，云天真人一開始就沒有設防，并且魔教是傾巢而出，對南天門的防守要塞也是非常熟悉，人數上還站了好大的優勢，一時間竟然被魔教占領了大半個南天門，這時的情況比起妖獸圍困南天門更加慘烈，就差一點點南天門大殿就被攻陷，還好云天真人迅速調整作戰方案，組織弟子拼死抵抗，受傷的弟子在后方打起游擊，騷擾對方的后方，使得魔教兵力分散，暫時緩解了正面戰場的壓力，雙方進入微弱的相持階段。無奈云天真人第一次向別的門派求援，一時間天鴻寺，安寧城，蒼宇城，三大門派大批高手涌入南天門，從外圍反包圍魔教眾人，正道中一些小門小派也投入了戰斗，雙方再次殺的驚天動地，蜚聲四起，就算是到了夜晚，無數的法寶對抗產生的光亮足以照亮整個南天門，一時都不知道白天或者黑夜，整個南天門只有廝殺的聲音。
這次大戰比起妖獸大戰有過之而無不及，慘烈程度可以說是驚天動地，雙方再也不顧及什么情誼，盟約，下手就是殺招，毫不留情。終于魔教教主枯木老人在和云天真人激斗了三天三夜之后，被云天真人誅殺，再加上各個門派在外圍大肆反攻魔教一方頓時土崩瓦解，全面崩潰，魔教四大護法率領一些殘兵敗將倉皇逃離。
云天真人第一次放下得道高人的姿態，率領整個正道一路追殺一直殺到魔教圣殿總堂，殺到沒有一個魔教妖人敢在魔教圣地出現才肯罷休。
正派眾人一看魔教已經四處逃離，不敢出現，一把火直接燒了魔教總堂，遠處的魔教弟子遠遠看著熊熊大火燃燒著自己的神殿，硬是不敢回來撲救，只得在心里面默念禱告。
正道中人看著魔教的圣殿的大火已經無法撲滅，這才罷手，然后拂袖而回。
經過兩戰，南天門徹底衰落，妖獸一戰一落千丈，正邪一戰可以說是一落萬丈。
此戰役云天真人，雖然殺了魔教教主，自己也受了傷，大弟子天玄道人斷了一臂，其余全部弟子全部戰死，更不用說一些新生代的學徒。整個南天門只剩下云天真人和他的徒弟天玄道人。
其余正道門派，比如安寧城，蒼宇城，天鴻寺也是損失慘重，蒼宇城老城主在此次南天保衛戰中，被魔教八大護法中的四個圍攻直接戰死，天鴻寺住持智鴻大師的師兄弟全部戰死，安寧城所有長老也幾乎全部死去，至于一些本想來撿便宜的正道小門派大都都全軍覆沒，便宜沒撿到，倒是全軍覆沒。
魔教也好不到哪里，經此一戰，魔教教主被殺，手下高手損失了七成左右，幸存下來的長老，八大護法只剩下四個，四位圣使全部死去，剩下有威望的四位護法為了搶奪教主這職位，陷入了四分五裂之中。從此之后，雙方才真正進入了相對和平的局面。